时光流转，距离KoF98那场惨烈的结局已过去数月。格斗家失踪的阴影依旧笼罩，但生活总要继续，修行也从未停歇。初秋的风吹过东京街头，带来一丝凉意，也带来了新一轮风暴的气息。
极限流道场，晨练时分。
“喝啊！”坂崎良一声怒吼，“霸王翔吼拳” 的巨大气劲将沉重的沙袋打得剧烈摇晃，整个道场都仿佛为之震动。他的气息比之98大赛时更加凝练浑厚，显然这段时间并未懈怠。
“哥哥好厉害！”由莉在一旁拍手欢呼，随即也摆开架势，认真地练习着基本功。
罗伯特·加西亚靠在门框上，看着师徒二人，嘴角带着惯有的潇洒笑容，但眼神深处也藏着一丝凝重。他们都收到了那封神秘的KoF99邀请函，深知前路艰险。
女性格斗家俱乐部。
不知火舞手持忍扇，身形翩跹，“龙炎舞” 带起灼热的气流，动作依旧华丽而精准，只是眉宇间少了几分以往的娇憨，多了几分沉淀下来的坚毅与淡淡的忧郁。她的伤势早已痊愈，但心中的结却非一时能解。
King擦拭着吧台，看着舞练习的身影，轻轻叹了口气。她刚刚结束与哈迪伦的秘密通讯，得到的情报并不乐观。NEStS的活动越来越猖獗，而KoF99的邀请函，几乎可以确定与他们有关。
藤堂香澄元气满满地进行着恢复性训练，她的加入为队伍增添了一份活力，但也让King肩上的担子更重了一分——她必须保护好这些同伴。
世界各地的其他角落。
特瑞在南镇的酒吧里擦拭着他的帽子，眼神坚定；安迪在瀑布下苦修，试图用汗水麻痹纷乱的心绪；东丈在泰拳馆里挥汗如雨；二阶堂红丸在自家的豪宅中，对着镜子整理着仪容，眼神却不时瞟向桌上那张邀请函；大门五郎依旧沉稳如山，默默锤炼着肉体与意志……
几乎所有知名的格斗家，都在以自己的方式准备着，等待着那个注定不平凡的大赛开幕。
某处，黑暗的空间。
四道强大的气息汇聚于此。不同于NEStS那种冰冷的科技感，这四股气息充满了古老、深邃而狂暴的邪恶力量。
“时机将至……”一个低沉沙哑的声音响起，带着令人战栗的威严，“大蛇的意志并未湮灭，只是陷入了沉睡。而人类的愚蠢行为，正在加速它的复苏……”
“哼，那些蝼蚁般的格斗家，又能改变什么？”另一个尖锐的声音充满不屑。
“别忘了上次的教训。”一个阴冷的女声接口，“那个叫林星的女人，还有三神器……他们拥有干扰吾主意志的力量。”
“无妨。”最初那个低沉的声音再次响起，“这次，我们将亲自引导命运之流向。KoF99……将是一场盛大的祭礼。找到合适的‘触媒’，唤醒吾主真正的力量！”
这四位，正是大蛇一族残存的、被称为“暗黑天王”的存在——干枯大地·七枷社、荒狂电光·丝露美、命运之炎·克里斯、息吹风暴·高尼茨（精神体或继承者）！他们并未在97年被彻底消灭，而是潜伏在暗处，等待着卷土重来的机会。如今，他们感应到了世界的“歪曲”以及NEStS行为可能带来的混乱，决定再次现身，利用KoF的舞台，执行他们真正的计划！
北海道，霜见町。
林星缓缓收功，周身那无形的力场悄然散去。她睁开眼，瞳孔深处那抹苍青色的光芒一闪而逝，气息更加内敛，仿佛与周围的自然环境融为一体。经过数月的苦修，她对星幽焰的掌控已然今非昔比，那种触及法则的力量虽不能随意动用，但已能更加圆融地融入日常的运气与防御之中，实力有了质的飞跃。
她拿起放在一旁的、已经有些褶皱的KoF99邀请函，目光沉静。
（是时候了。）
她不知道的是，这一次的KoF99，将不再是简单的格斗竞技，也不再仅仅是NEStS的阴谋舞台。更古老的邪恶已然复苏，更复杂的势力交织其中。她与同伴们，将被迫卷入一场关乎世界命运的、更加庞大而危险的漩涡之中。
新的篇章，伴随着更深沉的黑暗与更激烈的冲突，正式拉开序幕。