此时他与李大亮商讨。
李大亮道：“嬴秦、两汉、杨隋先后进军岭南，每次战略均远胜于百越，战事也常告捷，可却伤亡惨重，大抵均是天候地气所致。”
李药师叹道：“是的。伏波将军何等人物，竟也病逝壶头山。”
“伏波将军”指东汉马援，李靖对他甚为敬佩，《李卫公问对》中多次提及。
李大亮也叹道：“如此人物，竟受薏苡明珠之谤！”
马援第一次南征百越，得知交趾土产薏苡可以“轻身省欲，以胜瘴气”，在班师回朝时载回一车。
他去世后遭人诽谤，将薏苡讹为南土珍珠，竟被定罪！此事史称“薏苡明珠”、“薏苡之谤”。
李药师点头道：“然其德泽，留惠予我辈后人啊。”
薏苡之外，赤小豆也能消水肿、解热毒，两者皆是岭南土产。
李药师命和璧在当地采购，加入官兵的膳食中。
李药师、李大亮也研议岭南形势。
百余年后杜甫有〈寄杨五桂州谭〉诗：
五岭皆炎热.宜人独桂林
梅花万里外.雪片一冬深
两人决定以气候相对宜人的桂州作为指挥中心。
桂州虽然地处中原与岭南之间的交通要冲，但旧有城邑狭小简陋，无法容纳由荆襄南来的大队人马。
于是新建城廓，在此处理政军事务，此即后世所称的“桂林衙城”。
三个月前，约与李孝恭、李药师兵发夔州、突袭萧铣的同时，萧梁交州总管丘和，率长史高士廉北上觐见萧铣。
适逢萧梁败亡，丘和便以交趾、日南归附。
丘和有子十五人，其中丘行恭因牵飒露紫，成为“昭陵六骏”石刻上惟一的人物，因而名留千古。
高士廉则是长孙无忌、无垢兄妹的舅父兼养父。
丘和年事已高，盼能回归中土。
皇帝应允，让他与高士廉一同北返。
又有刘洎，他原是萧梁的黄门侍郎，萧铣遣他经略岭南，已得五十余城。
然他尚未回报，萧梁已被戡平。
此时李药师南巡，刘洎以所获州郡来归，得授为康州总管府行军总管。
早先便与李袭志相约投唐的永平郡守李亮度也来归附，李药师承制拜授，改永平郡为藤州，以李亮度为刺史。
时序进入武德五年，俚族首领杨世略来归。
杨世略出身粤东潮州大姓，世为当地土着首领，向以本族福祉为先。
他原向林士弘称臣，但见林士弘于萧铣尚不能敌，何况于李药师？这年二月，他以循州、潮州来降，得李药师授为循州刺史。
与此同时，李药师派出的钦使王义童说降泉州、睦州、建州等三州，得授为泉州刺史。
藤州、循州、泉州等六州降唐，对林士弘造成极大打击。
他倾尽兵力，遣其弟由南康南下，围攻循州。
四个月前李药师曾在炎帝陵与张善安会面，张善安表示愿意支持唐军进攻林士弘，条件是总管的位分。
李药师向李孝恭请示，得到允准。
此时张善安便由豫章南下，攻取庐陵、南康，前来降附。
李药师承制拜授，改南康为虔州、豫章为洪州、庐陵为吉州，以张善安为洪州总管。
林士弘的都城南康被张善安占领，士气顿时溃散，迅即便遭杨世略击败。
林士弘率余众躲入山洞，不久病死，其残部为张善安剿灭。
此时已是四月，林士弘既灭，李药师即率舰队离开桂州，顺漓水南下。
由桂州至阳朔的这段漓水属石灰岩溶蚀地形，有大面积的岩溶峰林地貌，山峰奇特苍翠，石壁嶙峋峭拔，洞穴殊姿异态，江水清澈纡回。
韩愈〈送桂州严大夫〉诗描述此地胜景：
苍苍森八桂.兹地在湘南
江作青罗带.山如碧玉篸
户多输翠羽.家自种黄甘
远胜登仙去.飞鸾不暇骖
宋代王正功的名句“桂林山水甲天下，玉碧罗青意可参”，其中“玉碧罗青”即是檃栝韩愈诗句。
如今李药师正行在这玉碧罗青的绝色山水之间，他虽衔命南巡，这段行程却十足陶冶性情。
尤其时值孟夏，风光绝是旖旎。
一路顺流而下，船行甚速，傍晚已入苍梧。
李药师承制，改苍梧郡为梧州。
此地是漓水、郁水、西江三江交会之处，往东南顺西江而下，可抵番禺，也就是今日的广州；往西南溯郁水而上，可抵郁林，也就是今日的玉林；诚可谓制霸南国山河的节点。
李药师来到梧州，宁长真与其叔父宁宣以宁越、郁林、合浦之地请降。
《旧唐书》称宁氏为“西原蛮”，世居广容之南、邕桂之西，家族雄踞一方。
此时降附李唐，李药师承制拜授，改宁越为钦州，以宁长真为钦州刺史。
宁宣归降后旋即去世，李药师新设姜州，以宁宣之子宁纯为姜州刺史。
得到宁氏家族效忠之后，李药师已掌控岭南的绝大部分。
惟一尚未归附的地方势力，只有冯盎。
冯盎，十六国时期北燕国主冯弘的后人。
当时北魏强盛，冯弘无法力敌，遂率大部族人撤至高句丽；另有族人冯业，率三百人渡海归降南朝刘宋。
冯弘之后，冯业率族人定居番禺。
这支冯氏与南朝、南越保持均势的亲善，子孙不但曾在南朝数代为官，冯业的曾孙冯宝，更娶南越大姓冼氏之女为妻。
冼夫人是俚人首领，她辅佐冯宝调停南越与南朝之间的冲突，促进双方交流，并引朱崖各部族归附南梁，是为崖州。
冯盎是冯宝、冼夫人之孙，曾在隋代为官。
隋亡之后奔回岭南，成为南越各支的首领。
当时自九江至交趾，包括番禺，多为林士弘所掌控。
林士弘诛杀地方官员，进据州府，冯盎起兵讨伐。
在当地土着之间，冯盎声势极大。
两军交兵，双方士卒大抵皆为土着。
冯盎只须除下盔甲，大呼：“尔等识得我乎？”
往往便让对方弃械而拜，于是取下番禺、苍梧、珠崖等地。
其后林士弘与张善安反目，萧铣趁机进攻，林士弘败走，其所据地皆降于萧铣。