国是会议结束后，海军都督府内部成立再造计画书编制小组，郑春雷左都督亲自挂帅，“一室十司一科”、四大水师相关部门首长参加，甚至还邀请了在京待参的朱先钎、蒋烈辉两位前舰长和海战英雄参加，经过近一个月的内部激烈讨论，形成了初步意见，并且在参议院军事委员会常开森委员长见证下，召集所有直属单位、四大水师、各镇守府和分舰队主官，召开海兵再造会议，出台了一系列政策，重中之重就是首先宣布了海兵再造计画书。
首当其冲，就是海军都督府改名为海兵都督府，标志着成立240年的五军都督府变成了五兵都督府，安宗皇帝定下来的条例，在朝鲜战争这场惨败中被悄然调整。
这一条，原本反对者众多，甚至有老海兵到皇宫门前去请愿，但架不住民间舆论和朝廷诸公、国是会议的代表们强力“建议”，这海兵高官们捏着鼻子同意了。
至于具体内容，归纳起来主要包括四个方面：一是调整指挥机构，将整个将海兵都督府原有的“一室十司一科”，调整为海兵幕僚本部、后勤装备部、直属管理部、海兵督察部等四个日常性管理机构，幕僚本部主要负责整个海兵的大政方针和战略规划，下辖规划、职方、陆战、联训、舰务、岸防、动员等七司；装备后勤部主要负责海兵相关装备建设和日常后勤保障规划指导，下辖舰艇、武器、财务、运输、物资、营造、医疗等七司；直属管理部负责海兵都督府四大部及两个指挥部人事，以及直属院校、医院、仓库、主计、勤务等单位管理，下辖人事、主计、营房、勤务等四司；海兵督察部在参议院和督察院双重领导下，监督海兵都督府人事、财务，纠察不法行为，下辖组织、军务、宣传、保卫、联络、审判等六司，如此一来，原本的十二衙门变成了四大部二十二司，这职位不减反增，与会者人人喜气洋洋。
除了日常管理的“四大部”以外，又新成立了舰队指挥部和陆战队指挥部两个专责作战的指挥部，级别与“四大部”相同，缩短原有的作战指挥链路，负责直接指挥新成立的中央舰队和海兵陆战队作战，改变以往大明海兵对外作战临时抽组成立专案的窘境。
二是成立中央舰队，将原来分散在各个水师的大型战舰统一划归到中央舰队管理，这条阻力最大，尤其是各家的主力舰，都是各个水师依靠各省赋税筹建起来的，凭什么朝廷说划走就划走，这划走了，以后从战舰日常维护里面过手经费还怎么弄，要是同意了，这还不变成崽卖爷田不心疼的败家子。不同意，坚决不同意，绝对不能同意。
不过，还是右都督高喜全一级上将深黯人心，和四大水师主官座谈时候，高上将不动声色的说了一段话，这当兵也好，做官也好，还不是为了高官厚禄、荣华富贵、光宗耀祖、青史留名，诸位如果真有心在海兵史上留下一笔，本官到是有个主意，一个么，都督府拟将水师改编为镇守府，级别提上一级，诸位可以原地升任二级上将，甚至调任海兵都督府也是未尝不可，将来可要纳入海兵列传的；第二个么，除了战舰作战以外，新成立的中央舰队临时进驻某地，某地的保障经费均由将来的后勤装备部财务司下拨，当然了，肯定是从宽保障，除此以外，新兵招募、岸防这些都划归到各位手中，这经费未必比原来少，这自主权可能更大；第三个，此次朝鲜战败，朝野民间对我们海兵意见可大得很，我们无论如何也要有所改变，否则各种报纸和老百姓可是要戳着我们鼻子骂的，如果诸位坚持不变，将来挨骂名的可不仅仅是我们；第四个，你们想啊，将来海兵肯定还要和北虏倭寇再战，这打仗可是要死人的，如果战舰和编制都在诸位手里，这抚恤金谁来出，伤残海兵和遗属谁来一直养着？诸位，时代变了，寻常日子和平年代一去不复返了，我们也要顺应潮流。
高上将一席话，胜过百万兵，四大水师诸位大佬默算片刻后，什么祖宗之法不可变，什么四大水师光荣传统，什么给水师后辈留条上进通道，什么水师官兵擅自调离，恐水土不服、军心不稳，统统都是屁话，所有大佬悉数赞同高上将、海兵都督府的高瞻远瞩、英明决策。
三是调整水师职能，将直隶水师、浙江水师、福建水师、两广水师改编为对应四个镇守府，负责辖区范围内的基地码头维护，中央舰队靠泊补给，海兵新兵征召训练，海岸守备、海上护渔、打击海盗走私等等，管理所辖各个港口的小型舰船和支援保障舰船，与传统的水师职能相比，除了海上作战，职能比以前还要多不少，因为前面中央舰队的事，这条居然出奇的没有意见通过了。
四是重组海兵陆战队，由现在的龙江营、象山营、马尾营、广州营、仁川营、釜山营、济州营、安南营、印尼营，以及海州部、松江部，海外有台湾部、琉球部、狮城部等“九营五部”，压缩为陆战队指挥部下属四个营，即中央营、东方营、南方营、海外营，前三个营整建制驻守国内，海外营的营头在印尼，下辖印尼、安南、琉球、台湾、印尼、狮城等六个混成协，负责海外领土和殖民地治安及防卫作战；原来拆分作为各个海兵机关和海兵基地警备守卫职责的海兵陆战队，并改编为海兵督察宪兵，分为7个总队，分别部署至各个战略单位，负责海兵内部警卫、守备、纠察、监察任务。这一条，海兵陆战队作为大明作战之耻，毫不意外的被通过了。
五是厘清各级官阶，在海兵都督府指挥下，下辖直隶、浙江、福建、两广镇守府，以及中央舰队、海兵陆战队，共六个战略执行单位。