新帝登基，新政伊始，作为首席辅政大臣兼丞相的李斯，其权势与责任都达到了前所未有的顶峰。他不再是始皇帝时期那个需要时刻揣摩上意、谨慎行事的“高级秘书”，而是真正成为了帝国行政体系的掌舵人，肩负着引导年轻皇帝、稳定朝局、推行国策的重任。这既是无上的荣耀，也是巨大的考验。
扶苏对李斯极为倚重，几乎到了言听计从的地步。这不仅是因为遗诏指定，更因为在他最惶恐无助的时刻，是李斯力挽狂澜，粉碎了赵高的阴谋，将他推上了帝位，并在他登基后，迅速拿出了这一系列深得民心的政策。在扶苏眼中，李斯是能力超群、忠心耿耿的社稷之臣，是值得完全信任的“仲父”。
每日的朝会议政之后，扶苏常常将李斯单独留下，或在御书房召见，商讨具体政务。从赋税减免的细则，到刑徒赦免的范围，从官吏的考核任免，到边境的防务安排，事无巨细，扶苏都愿意听取李斯的意见。
“丞相，关于骊山陵停工程度，依你之见，当如何把握？是否会影响先帝陵寝的安固？”扶苏指着案上的陵寝图纸，虚心求教。
李斯捋了捋胡须，从容应答：“陛下仁孝，顾虑周全。依臣之见，地宫核心、防水屏障及封土主体已然完成，足以护卫先帝安眠。可停者，乃外围之陪葬坑、附属宫殿及大量非必要的精细雕饰。如此，既可节省大量民力，亦无损陵寝根本。可令少府与将作监共同勘定，列出详单。”
“善，便依丞相之意。”扶苏点头，又提起另一事，“蒙恬将军已回京述职，关于北疆防务，丞相有何看法？”
“蒙将军忠心为国，熟知边事，其意见当予以重视。”李斯谨慎地组织着语言，“匈奴虽暂退，然狼子野心，不可不防。臣以为，当下不宜大规模主动出击，但长城防线需加固，戍卒需轮换休整，保持战力。可命蒙恬将军统筹北疆军务，以防御为主，同时辅以屯田，减轻粮草转运压力。”
这些建议，既考虑了帝国的财政和民力状况，也兼顾了国防安全，显示出李斯老辣的平衡能力。扶苏听后，每每深以为然。
然而，李斯深知，皇帝的绝对信任是一把双刃剑。他一方面要尽心竭力，辅佐新君，实现自己经世济民的理想（这其中也掺杂了避免原历史悲剧、青史留名的个人诉求）；另一方面，他必须时刻警惕，避免功高震主，重蹈历史上权臣覆辙。他始终保持着臣子的本分，所有重大决策，必以皇帝名义发出，自己绝不僭越。
同时，他也在利用这难得的权力，悄然推行一些他思考已久，但在始皇时期难以实现的“微调”。例如，在修订律法时，他主张将一些过于严苛、不近人情的条款适度放宽，强调“法理”与“情理”的结合；在官吏选拔上，他除了注重法家背景，也开始留意那些精通农事、水利、善于安抚地方的务实型人才；他甚至暗中支持一些非官方的学术交流，允许百家学者在一定的规范内探讨学问，营造相对宽松的文化氛围。
这些举措，并未大张旗鼓，却如同润物细无声的春雨，逐渐改变着帝国过于刚硬、紧绷的肌体。
当然，他也没有忘记潜在的威胁。对赵高及其核心党羽的审讯和清算在稳步推进（赵高被判处车裂之刑，其族诛灭）。对于被圈禁的胡亥，他建议皇帝给予了基本的生活保障，但严加看管，绝其与外界联系，既体现了新帝的仁厚，也消除了隐患。
李斯如同一个经验丰富的园丁，小心翼翼地修剪着帝国这棵大树的枝叶，既要去除枯枝败叶（清算赵高余党、遏制旧势力反弹），也要适时浇水施肥（推行新政、调整政策），更要引导其主干（辅佐扶苏）健康生长。他夜以继日地处理着繁重的政务，鬓角的白发越来越多，但精神却处于一种高度亢奋的状态。
他清楚地知道，自己正处在一个千载难逢的历史节点上，一个有可能真正“逆天改命”，引导大秦走向不同未来的关口。这“托孤丞相”的重任，他必须，也必将承担起来。