杂灵根孤儿谢衍舟在废码城饱受欺凌，遭青云宗拒之门外后，意外拾得嵌有元枢AI智脑的上古芯片。精血激活智脑后，他的杂灵根蜕变为混沌灵码核心，打破“废灵根”宿命，走上灵码科技与传统修仙交融的逆袭之路。他从废码城死里逃生，解锁上古灵码技术、于浮空码市崭露头角，却遭虚无代码教追杀。秘境中，他与青云宗弟子苏芷泠化敌为友，窥见上古文明崩塌真相；灵脉中枢，他目睹宗门与联盟内斗、灵脉遭病毒污染，明晰混沌灵码“平衡灵码与灵气”的使命。谢衍舟拒绝阵营拉拢，联合同道组建元灵盟，以中立姿态历经艰险突破至码圣境。面对玄元界格式化危机，他晋阶元灵码祖境，融合众人力净化病毒、修复世界中枢，让世界迈入科技与修仙共生的新纪元。最终，他携元枢探寻次元边界，“元灵码祖”的传说永世流传。
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