皇帝的旨意连同对有功人员的封赏名单，以八百里加急的速度送到了尚在台湾的郑芝龙和周鼎臣手中。郑芝龙因战功卓着，加封太子太保衔，赏赐极丰；周鼎臣办理军需、参与受降、协理民政有功，擢升为福建布政使司右参议，兼领台湾府首任知府；其余将士各有升赏。
圣旨明确设立台湾府，隶属福建布政使司，这标志着台湾正式被纳入大明的行政体系，而不再仅仅是军事占领区。
郑芝龙与周鼎臣不敢怠慢，立刻开始着手台湾府的筹建工作。首要任务，是搭建行政框架。暂时以赤嵌楼为府衙所在，下设户、礼、兵、刑、工等房，官吏一部分从随军文吏中选拔，一部分则由周鼎臣从福建紧急征调熟悉民政的官员前来充任。
然而，最大的难题在于人口和开发。荷兰人统治时期，岛上汉人移民虽有数万，但多集中在赤嵌、大员一带从事贸易和农耕，且备受压迫。广大内陆地区，仍是土着部落的天下，部落之间关系复杂，与汉人移民也时有冲突。
“周大人，陛下旨意，招募大陆移民屯垦，此乃长久之计。然眼下，如何安抚现有汉民，处理与土着关系，乃是当务之急。”郑芝龙与周鼎臣商议道。军事上他是一把手，但民政方面，他充分尊重周鼎臣的意见。
周鼎臣指着刚刚初步绘制完成的台湾西部沿海草图，面色凝重：“郑军门所言极是。下官已派人初步统计，汉民多渴望恢复故土田园，可将其组织起来，清查被荷兰人强占或荒废之地，发放地契，鼓励垦殖。同时，设立军屯，令部分士卒且耕且守，既可减轻粮饷压力，亦可实边。”
他顿了顿，指向内陆山区：“至于土着各部，需区别对待。对于曾受荷兰人欺压、或与我汉民较为友善者，当遣使宣慰，赐以布帛、盐铁，确立朝贡关系，承认其自治，但要求其不得劫掠汉民村庄。对于桀骜不驯、曾与荷兰人勾结者……”他眼中闪过一丝厉色，“则需示以兵威，迫其臣服，至少令其不敢轻举妄动。”
郑芝龙点头表示同意：“正当如此。软硬兼施，方是王道。水师会加强对沿海的巡逻，防止荷兰人或海盗骚扰。陆上防务，需尽快修复热兰遮城……不，此地当更名，‘热兰遮’乃夷名，当弃之。陛下已有旨意，改称‘安平镇’，设游击将军驻守。赤嵌楼亦可作为一处要塞。”
两人又详细商议了开放安平港贸易的具体细则。如何吸引商船前来，如何设定关税，如何管理市场，防止走私，这些都是繁琐却至关重要的工作。
政策虽好，推行起来却阻力重重。
当周鼎臣派人开始清查土地时，立刻遇到了麻烦。一些在荷兰时期通过与殖民者勾结而占据大量土地的汉人“结首”（地方头人），千方百计地阻挠清查，隐瞒田亩，甚至煽动不明真相的移民，声称朝廷此举是要夺走他们的土地。
而当明军试图与内陆一些部落接触时，也并非都顺利。有的部落态度友好，愿意接受安抚；有的则充满警惕，闭寨不出；更有甚者，如位于嘉南平原一带的“大肚番”部分部落，自恃勇力，对明军的使者态度傲慢，声称“山地是我们的天地，汉人勿入”。
这一日，郑芝龙与周鼎臣正在府衙处理公务，几名士着代表怒气冲冲地前来告状，声称有汉民越过传统界线，开垦了他们狩猎的土地，并发生了冲突，双方各有损伤。
几乎同时，也有汉民村长来报，称村中耕牛被士着所盗，请求官府做主。
郑芝龙与周鼎臣相视苦笑。光复的喜悦尚未过去，繁杂无比的治理难题便已接踵而至。他们意识到，要让台湾这片土地真正安定下来，融入大明，还有很长、很艰难的路要走。