郑芝龙的策略被坚决地执行了下去。
大明水师凭借着数量优势和制海权，将大员港封锁得水泄不通。任何试图靠近的船只，无论是荷兰人的求救小船，还是不明身份的走私船，都遭到了明军巡逻舰只的驱离或捕获。曾经繁忙的航道，如今只剩下明军的战船在游弋。
陆地上，明军在北线尾和赤嵌楼方向构筑起了坚固的营垒。壕沟、栅栏、土垒、炮台层层推进，如同两道巨大的铁钳，从陆地上扼住了热兰遮城的咽喉。明军的红衣大炮不时发出轰鸣，炮弹呼啸着砸向热兰遮城的城墙或落入城堡内部，虽然难以立刻摧毁主体结构，却极大地干扰了守军的行动，摧毁了一些暴露的设施，更重要的是，这种持续不断的压力在一点点消磨着守军的意志。
与此同时，郑芝龙悬赏招募向导的命令也取得了效果。几名曾在荷兰人手下做过苦力、或是在热兰遮城周边活动的汉人移民，提供了宝贵的信息。他们指出，城堡的日常用水主要依赖几口深井，但水质一般，且在长期围困下可能不足；城堡的西南角墙体，据说早年因地基略有沉降，曾出现过细微裂缝，虽经修补，但或许仍是相对薄弱之处。
这些信息让郑芝龙更加坚定了围困的决心。他下令炮火重点“关照”城堡西南角，并派出小股精锐夜不收，试图接近城堡，侦察其水井位置和守军布防细节。
然而，正如施大瑄所担忧的那样，台湾湿热的气候开始展现出它残酷的一面。
明军士卒多来自福建、浙江乃至更北的地区，对台湾这种高温、高湿、多雨的环境极不适应。营地里开始出现病患，最初只是些中暑、腹泻，但随着时间推移，一种更可怕的疾病开始蔓延——疟疾，也就是当时所称的“瘴疠”。
患者先是发冷寒战，裹上多层棉被仍觉如坠冰窖，随后又转为高热，汗出如浆，神昏谵语。军中医官们用尽了传统的汤药、针灸，效果却微乎其微。随军携带的草药迅速消耗，病患数量却与日俱增。非战斗减员开始超过战斗伤亡，军营中弥漫着一股草药和病痛交织的压抑气息，士气不可避免地受到了影响。
“军门，这样下去不行啊！”施大瑄闯进郑芝龙的营帐，脸上带着忧色，“这才围了不到半月，病倒的弟兄已经超过五百！药材快跟不上了，再拖下去，不用红毛夷打，咱们自己就先垮了！”
郑芝龙站在帐门口，望着远处依旧沉默矗立的热兰遮城，脸色凝重。他何尝不知情况严峻？他甚至能想象到，此刻城堡内的荷兰守军，恐怕也在透过炮窗，观察着明军营地的混乱，期盼着瘟疫能帮他们击退敌人。
“不能撤。”郑芝龙的声音有些沙哑，却异常坚定，“此时若退，前功尽弃，荷兰人气焰复炽，再想拿下此城，难如登天。陛下将收复台湾之重任交予我等，岂能因区区疫病便轻言放弃？”
他转过身，目光锐利地看向施大瑄：“传令下去，将所有病患集中隔离，与健康士卒分开居住。所有饮水，必须煮沸后方可饮用。营中垃圾、污物，每日定时清理焚烧。另，多派人手，向附近土着收购他们用以防治瘴疠的草药，无论何物，试过再说！”
这是他能想到的、结合了部分现代卫生知识和本地经验的所有办法了。
“可是军门，这能有用吗？”施大瑄将信将疑。
“有用无用，做了才知道！”郑芝龙断然道，“同时，加强对城堡的封锁和炮击，不能让里面的红毛夷好过！他们被围困，物资只会比我们更紧张，压力更大！看谁先撑不住！”
就在明军与疫病艰难抗争的同时，热兰遮城内的情况也确实不容乐观。
城堡总督揆一看着仓库里日渐减少的粮食、腌肉和火药清单，脸色阴沉得能滴出水来。淡水虽然暂时无忧，但食物配给已经一减再减，士兵和雇员们开始出现营养不良的症状。最可怕的是，城外明军的炮击虽然准头欠佳，却日夜不停，让所有人都无法安眠，神经时刻紧绷。更糟糕的是，坏血病也开始在守军中悄然出现。
“巴达维亚的援军……到底什么时候才能到？”揆一望着窗外灰蒙蒙的海面，第一次感到了绝望的滋味。他派出的求救小船如同石沉大海，渺无音讯。他知道，东印度公司在料罗湾和沥港连续遭受重创，恐怕短时间内根本无力组织起一支足以解围的强大舰队。
围城，变成了一场意志与耐力的残酷较量。双方都在承受着巨大的压力，看谁先被饥饿、疾病或绝望压垮。