太医院内，关于林婉清私下研究“牛痘”的风声，如同初冬的薄冰，在看似平静的表面下悄然蔓延。孙医正等人虽未公开发难，但投向林婉清那间偏僻廨房的目光，愈发阴冷。各种含沙射影的流言在院中飘荡，或讥讽她“不务正业，专研畜疫”，或危言耸听地暗示她“以污秽之物亵渎医道，恐遭天谴”。林婉清对此充耳不闻，依旧每日埋首于案牍与她那方寸之间的“实验室”，对照古籍，反复验证牛痘浆液的活性与安全性。她知道，在没有确凿证据前，任何辩解都是徒劳。
顾长渊通过隐秘渠道递来消息：太子对密折中所呈“牛痘”之事，未置可否，只批了“吾已悉知，慎之”六字。这看似平淡的回应，却让林婉清心中稍定。至少，最高层并未直接否定，这便留有了转圜之地。顾长渊同时提醒，赵侍郎一党正在暗中搜集她“妄动古法”、“妖言惑众”的证据，让她务必谨慎，所有试验记录需妥善保管。
压力之下，林婉清反而更加沉静。她将研究重点转向如何将牛痘接种流程标准化、风险最小化，并开始撰写详细的《牛痘接种述要》，从病原、取苗、接种、观察到预期反应、鉴别诊断，条分缕析，务求严谨，以备不时之需。
转机出现在一个看似平常的午后。太医院院使刘大人最疼爱的幼孙，忽染天花，病情凶险。刘院使虽精通医理，但关心则乱，太医院诸位太医轮番诊治，用尽良方，然患儿年幼稚弱，痘疹出不畅，伴有高热惊厥，已是危在旦夕。刘院使一夜白头，太医院内气氛凝重。
孙医正等人虽也竭力施救，但收效甚微。有人暗中嘀咕，若此子不保，刘院使地位势必动摇，太医院权力格局或将洗牌。各种心思，暗流涌动。
就在众人束手无策之际，林婉清通过一位与刘府有旧、曾听过她讲学的低阶医官，得知了确切消息。她深知此举冒险，但医者仁心与对牛痘法的信念，让她无法坐视。她连夜叩响了刘院使府邸的门。
刘院使见是她，初时惊愕，随即是疲惫的挥手：“林御医，你的心意本院心领，然……”
林婉清深深一礼，截断他的话：“院使大人，下官并非妄言有必治之法。然下官近日研习古籍，于‘痘疹逆症’或有新解。今公子之症，乃正气不足，毒陷血分，寻常托毒透疹之法，恐力有未逮。下官有一法，或可险中求生，然……需大人决断。”
她呈上早已准备好的、关于患儿病情的分析与一套结合清热凉血、扶正透托，并佐以她特制“安宫牛黄散”（融入了一些她基于现代知识改良的镇静、抗惊厥成分）的详细方案。她并未直接提及牛痘，而是从病理入手，提出了更激进的治疗思路。
刘院使本是医道高手，细看方案，眼中闪过一丝惊异。这思路大胆却并非无据，用药配伍精妙，尤其是那“安宫牛黄散”的设想，直指惊厥关键。他凝视林婉清片刻，见她目光澄澈，只有医者的专注与诚恳，想起她云州之功，终是咬牙道：“好！便依你之法！若有差池，本院一力承担！”
林婉清得以入驻刘府，亲自指导用药、施针。她摒弃了太医院部分保守的用药禁忌，加大了清热解毒的力度，并辅以物理降温，精心护理。三日后，患儿高热渐退，痘疹逐渐透发，虽然虚弱，但终究闯过了鬼门关。
刘院使老泪纵横，对林婉清的医术和魄力彻底改观。此事在太医院高层引起不小震动，林婉清“擅治危逆之症”的名声不胫而走。
恰在此时，京郊皇庄的“牛痘”疫情已近尾声，感染者皆已康复，且无一人出现严重后遗症或传染他人现象。林婉清认为时机成熟，在刘院使的默许下，她向太医院提交了正式的《请试种牛痘以预防天花的条陈》，并附上详实的皇庄疫情观察记录及初步的牛痘浆液安全性试验数据。
这份条陈，如同在太医院投下了一颗巨石！主张以“畜疫”预防“人疫”，简直闻所未闻！太医院内顿时炸开了锅。
以孙医正为首的传统派激烈反对，斥之为“荒谬绝伦”、“亵渎人伦”，声称“人畜殊途，焉能混为一谈？”，“此例一开，天下大乱！”甚至有人上书弹劾林婉清“居心叵测”，“欲以妖法乱政”。
然而，这一次，反对的声音并非一面倒。刘院使因孙儿之事，对林婉清的医术有了新的认识，虽对牛痘法仍存疑虑，但态度转为审慎支持，主张“可小范围试之，以观后效”。部分受过林婉清讲学影响、思想较为开明的年轻太医也站出来，从医理上论证其可行性。太医院内，第一次出现了公开支持林婉清的声音。
争论迅速从太医院内部蔓延至朝堂。赵侍郎一党趁机大肆攻击，将此事上纲上线，联系林婉清的女子身份和“非正统”出身，极力抹黑。而顾长渊及其背后的势力，则开始在士林中宣扬林婉云州之功，强调“实效为重”，为牛痘法争取舆论空间。
这场纷争，最终惊动了深宫。太子于东宫召见太医院主要官员及林婉清，亲自垂询。
大殿之上，林婉清再次面对天颜，比之上次更多了几分沉稳。她从容不迫，将牛痘法的原理、依据、皇庄实例、以及与人痘法的优劣对比（尤其强调其安全性更高），条理清晰地陈述了一遍。面对孙医正等人的诘难，她引经据典，据理力争，言辞恳切而不失锋芒。
太子静听良久，末了，问了一个关键问题：“林婉清，你口口声声说牛痘更安全，可能保证万无一失？可能保证不会引发新的疫病？”
林婉清深吸一口气，坦然迎上太子的目光：“回殿下，臣不能保证万无一失。医道如兵，未有常胜之将军。然，相较于天花十死其三之惨烈，人痘百中有一之风险，牛痘之险，据臣观察，微乎其微。此乃两害相权取其轻。臣愿立军令状，若行此法，可先于死囚或自愿者中试种，臣亲身监导，若有差池，臣愿领罪！然若因畏惧微险，而坐视万千黎庶年年遭天花屠戮，臣……死不瞑目！”
她的坦诚与决绝，让殿上一片寂静。太子凝视她良久，目光深邃难测。
最终，太子未当场决断，只道：“此事关乎国体民生，不可不慎。着太医院会同礼部、钦天监再议，广询博采，具本奏来。” 虽未明确支持，但也未否定，而是将议题提升到了更广泛的讨论层面，这本身已是一种进展。
退朝后，林婉清走出宫门，秋阳正好，却带着一丝凉意。顾长渊悄然走到她身边，低声道：“今日殿前应对，甚好。太子虽未明言，但心已动。接下来，将是朝堂之上的角力了。赵侍郎那边，恐有后手，务必小心。”
林婉清点头，望向远处巍峨的宫墙。她知道，牛痘之议，已将她彻底推到了风口浪尖。接下来的，将是一场更为复杂、更为凶险的战役，不仅仅关乎医术，更关乎权力、观念和人心。