守护者学院开学半年后，中枢星域的宁静被一则紧急求援信号打破。信号来自距离星尘航道数千光年的“蓝晶星域”——一个以开采稀有蓝晶矿石闻名的文明，也是星尘航道近期建立贸易往来的新伙伴。
“流火号”的侦测仪上，蓝晶星域的求援画面触目惊心：原本湛蓝的星球表面布满黑色裂痕，无数艘民用飞船在星空中四散逃窜，而追击它们的，是一群造型诡异的“机械虫族”——这些虫族的躯体由金属与生物组织拼接而成，口器能喷射腐蚀一切的黑色粘液，翅膀扇动时还会释放干扰能量的电磁波。
“蓝晶星域的首领说，机械虫族三天前突然出现，没有任何征兆就开始攻击他们的星球和矿场，已经有三分之一的星球被占领了！”小陈的声音带着焦急，“更奇怪的是，这些虫族的金属躯体上，刻着与虚无能量相似的纹路，但又多了一种从未见过的‘机械病毒’，能感染并控制星舰的系统！”
云航立刻召集联盟紧急会议，全息投影中，各文明代表看着蓝晶星域的画面，脸色凝重。里昂率先开口：“机械虫族的攻击模式很有组织性，不像是自然演化的生物，更像是被人操控的武器。而且那种机械病毒，能轻易突破普通星舰的防火墙，必须小心应对。”
星垣的手指在星图上滑动，眉头紧锁：“蓝晶星域位于星尘航道与同源星域的贸易航线附近，如果虫族突破那里，很可能会威胁到两条航道的安全。我们必须立刻派出支援舰队！”
云航点头，迅速制定作战计划：“第一，由‘流火号’带领机甲精英小队，率先前往蓝晶星域支援，优先保护平民撤离；第二，里昂带银纹舰队，携带反病毒设备，负责抵御机械虫族的星舰攻击；第三，星垣前辈，麻烦你用星轨符文构建临时防御网，防止虫族扩散到其他星域。”
两小时后，支援舰队整装出发，通过同源航道的加速节点，朝着蓝晶星域疾驰。途中，小陈不断解析机械虫族的资料，发现一个惊人的事实：“队长，这些机械虫族的金属躯体中，检测到了暗纹派的技术残留！而且那种机械病毒的核心代码，与暗纹派之前使用的黑银能量程序高度相似！”
“暗纹派还有残余？”云航握紧高频刃，心中警铃大作。之前肃清黑银深渊时，暗纹派的核心成员已被消灭，难道还有漏网之鱼，并且与新的威胁勾结在了一起？
支援舰队抵达蓝晶星域时，这里的战斗已进入白热化。蓝晶星球的首都星上空，数百只机械虫族正围攻最后的防御舰队，一艘蓝晶星舰的系统被病毒感染，失控地撞向另一艘星舰，引发连环爆炸。
“机甲小队出击！优先保护平民撤离飞船！”云航的“星陨”机甲弹射而出，高频刃注入秩序能量，斩向围攻撤离飞船的机械虫族。金色光刃划过，三只虫族的躯体被瞬间斩断，黑色粘液溅在机甲装甲上，却被秩序能量及时净化。
阿凯的“狂岩”机甲则带着反病毒设备，冲向被感染的星舰。重型护盾挡住虫族的攻击，同时释放出银色的反病毒能量波，星舰的系统屏幕逐渐恢复正常。“成功了！反病毒设备能压制机械病毒！”阿凯的声音带着喜悦。
可就在这时，蓝晶星球的地壳突然剧烈震颤，一只体型超过百米的“机械虫后”从星球内部冲出。它的背部布满了能量炮口，腹部的产卵器不断制造出新的机械虫族，周身环绕的电磁波，竟能干扰机甲的操控系统。
“那是虫后！必须摧毁它的产卵器，否则虫族会源源不断地出现！”云航操控“星陨”冲向虫后，却被虫后背部的能量炮击中，机甲的光翼瞬间受损，朝着地面坠落。
危急时刻，里昂的银纹机甲及时赶来，手中的银色长枪刺入虫后的能量炮口，引发剧烈爆炸。“云航，我来牵制它，你去攻击产卵器！”里昂的机甲缠住虫后的四肢，银色能量不断腐蚀着虫后的金属躯体。
云航抓住机会，调整机甲姿态，高频刃凝聚全部秩序能量，狠狠刺入虫后的产卵器。金色能量在虫后体内爆发，产卵器瞬间崩解，新的机械虫族停止出现。虫后发出一声凄厉的嘶吼，剩余的能量炮同时开火，里昂的机甲被击中，装甲出现巨大裂痕。
“就是现在！”云航将“航道之心”的能量全部激活，秩序核心与星尘之源、星源二号产生跨星域共鸣，一道巨型金色光柱从星空落下，直刺虫后的核心。虫后的躯体在光柱中逐渐融化，最终化为一堆废铁。
失去虫后的指挥，剩余的机械虫族陷入混乱，被联盟舰队逐一消灭。蓝晶星域的危机暂时解除，可云航的心中却没有丝毫放松。在虫后的核心残骸中，小陈发现了一块黑色芯片，芯片中存储着一段加密信息，破译后只有一句话：“虚无之主即将苏醒，星尘与同源，皆是祭品。”
“虚无之主？”星垣的脸色骤变，“先民的记载中提到过，虚无之影只是它的先锋，虚无之主才是虚无能量的真正源头，当年先民就是因为畏惧它，才逃离了同源星域！”
云航看着黑色芯片，握紧了拳头。机械虫族、暗纹派残留技术、虚无之主的预言，这些线索串联在一起，指向一个比以往任何威胁都更可怕的敌人。他知道，蓝晶星域的危机只是开始，一场关乎整个星域存亡的终极之战，已在暗中拉开了序幕。
支援舰队带着蓝晶星域的居民，朝着星尘航道撤离。星空中，“流火号”的舰笛声带着警惕，朝着中枢星域驶去。