伪装舰队撤退后，星尘联盟并未放松警惕。云航在“穹顶号”召开战后会议，提出深入暗物质星云探测的计划：“我们必须查清星云内是否还有更庞大的军事力量，以及暗物质母舰的来源。如果放任不管，它们迟早会卷土重来。”
星灵首领主动请缨：“我的族人能感知暗物质能量的流动，可作为探测向导。但星云深处的暗物质浓度极高，普通星舰无法承受，需要对‘启明号’进行改造。”
接下来的三天，各文明共同协作改造“启明号”——赤岩文明为舰体加装了三层抗暗物质装甲；蓝溪文明将液态星核能量注入引擎，提升动力与抗干扰能力；紫晶文明在舰体表面刻画了星核共鸣纹路，能削弱暗物质能量的侵蚀；星灵族人则在舰桥安装了“暗物质感知仪”，可实时规避星云内的能量乱流。
改造完成后，“启明号”搭载着云航、林夏、陈默，以及三名星灵族人，朝着暗物质星云进发。星灵族人通过感知仪，在星云内开辟出一条安全航道，沿途的暗物质乱流与幻象被星核共鸣纹路一一化解。
航行半日，“启明号”抵达暗物质母舰残骸所在区域。残骸已被暗物质能量腐蚀得面目全非，但舰体中央的暗物质核心仍在散发微弱的能量波动。林夏操控机械臂取出核心碎片，分析后脸色凝重：“碎片里检测到‘虚无之根’的基因序列，这说明暗物质舰队与虚无势力有关，甚至可能是虚无之根的‘衍生部队’！”
云航接过碎片，掌心徽章突然震动，碎片中的虚无能量与徽章产生排斥反应，发出滋滋的声响。“星灵族人，能感知到星云内是否还有类似的暗物质核心吗？”他问道。
星灵族人闭上双眼，片刻后睁开：“在星云深处，有一处能量源与暗物质核心同源，而且能量强度是它的百倍！那里很可能是暗物质舰队的基地。”
“启明号”朝着能量源方向前进，越靠近深处，暗物质能量越浓郁，舰体的装甲开始出现细微的腐蚀痕迹。林夏不得不降低航速，用液态星核能量持续修复装甲：“还有十分钟抵达能量源区域，但我们的星核能量储备只能支撑两小时，必须速战速决。”
当“启明号”抵达目标区域时，众人被眼前的景象震撼——一座巨大的暗物质要塞悬浮在星云中央，要塞表面布满了能量管道，无数暗物质核心在管道内流动，不断为停泊的伪装舰补充能量。要塞顶端，一枚直径千米的巨型暗物质核心散发着恐怖的能量，核心周围，竟缠绕着与虚无之根相似的黑色根须！
“是‘暗物质母核’！”星灵族人的声音带着恐惧，“它在吸收星云的暗物质能量，同时被虚无根须控制，正在批量制造伪装舰！”
云航立刻下令：“林夏，记录要塞结构与母核位置；陈默，启动舰载炮，摧毁外围的伪装舰生产线；星灵族人，寻找母核的能量薄弱点！”
舰载炮的星核能量束击中生产线，管道瞬间爆炸，暗物质核心的碎片四处飞溅。但要塞的防御系统很快启动，无数暗紫色的能量炮朝着“启明号”射来。陈默操控星舰灵活闪避，同时用离子炮反击，摧毁了几座防御炮塔。
“找到薄弱点了！母核下方的能量接口没有防御，只要注入星核能量，就能暂时瘫痪母核！”星灵族人突然喊道。云航立刻调整航线，朝着能量接口飞去。就在“启明号”即将抵达时，要塞内突然冲出数十艘伪装舰，挡住了去路。
“星核能量储备不足，无法长时间战斗！”林夏急声道。云航看着近在咫尺的能量接口，做出决定：“释放所有剩余星核能量，集中攻击伪装舰编队，为注入能量争取时间！”
“启明号”的主炮全力开火，一道耀眼的七彩光束冲破伪装舰的阻拦，在能量接口处炸开一道缺口。云航操控机械臂，将一枚装满星核能量的晶体注入缺口。母核瞬间发出刺耳的嗡鸣，黑色根须开始萎缩，要塞的能量管道逐渐停止运转。
“成功了！母核暂时瘫痪，伪装舰无法再生产！”林夏兴奋地喊道。但云航知道，这只是暂时的——暗物质母核的能量仍在缓慢恢复，虚无根须也未完全消失。
“立即撤离！”云航下令。“启明号”调转航向，朝着星云外围飞去。当星舰驶出暗物质星云时，星核能量已彻底耗尽，舰体装甲布满了腐蚀痕迹。但所有人的脸上都带着欣慰——他们不仅摸清了暗物质舰队的底细，还为联盟争取了备战时间。
返回星尘航道后，云航立即将暗物质要塞的情报汇报给联盟。各文明首领一致决定，集结所有力量，在暗物质星云外围建立永久防御阵线，同时开始研发能彻底摧毁暗物质母核的武器。而“启明号”，则在修复后，再次肩负起了巡逻防御的使命，守护着星尘联盟的每一寸星空。