联盟总部的指挥中心内，红色的预警灯已经连续闪烁了十二个小时。鹿丸站在巨大的全息投影屏幕前，手指无意识地摩挲着下巴，屏幕上显示着两个令人绝望的画面：左侧是“收割者”王虫所在的黑暗星云，漩涡中心的暗黑色球体越来越清晰，能量读数每小时都在飙升；右侧是忍界的防御部署图，无数红色的标记代表着防御薄弱点，绿色的精英战力标记却寥寥无几——大部分战力都被分散在边境，应对可能返回的基式。
“必须启动‘方舟’计划最终阶段。”鹿丸的声音打破了指挥中心的沉默，每一个字都带着沉重的决心，“我们没有足够的战力同时对抗基式和王虫，为了文明的延续，必须保留火种。”
指挥中心内一片寂静，没有人反驳——这是最艰难却也是唯一的选择。卡卡西靠在墙边，面罩下的目光落在屏幕上的方舟设计图上，轻声说道：“通知民生部，立刻组织登船人员；军事部负责方舟的护航，确保登船过程安全；科研部将所有文明数据库、忍术卷轴复制品、基因样本转移到方舟，不能遗漏任何重要信息。”
命令下达后，忍界各地的“方舟”基地同时启动。位于火之国龙脉深处的基地内，巨大的金属闸门缓缓打开，一艘长达千米的方舟显露出来——舰体呈银白色，表面覆盖着规则屏蔽涂层，舰首印有忍界联盟的标志，舰体内部分为生态区、居住区、数据库区、基因库区，配备着最先进的生态循环系统，足以支撑数万人在太空中生存数十年。
登船的队伍在基地外排成了长长的队列，气氛沉默而悲伤。队伍中有白发苍苍的科学家，他们怀里抱着珍贵的研究数据；有技艺精湛的工匠，背着祖传的工具；有年轻的忍者，眼神坚定地守护着队伍；还有一群孩子，他们牵着父母的手，眼中满是迷茫，却被父母温柔地安抚着。
“妈妈，我们要去哪里？”一个小女孩拉着母亲的衣角，小声问道。
母亲蹲下身，轻轻擦去女儿脸上的泪痕，笑容温柔却带着一丝苦涩：“我们要去一个安全的地方，等危险过去，就回来找爸爸，好不好？”
小女孩似懂非懂地点点头，紧紧抱着母亲的脖子。不远处，一位老科学家正小心翼翼地将一份《忍术起源研究》的手稿放入防水箱中，那是他毕生的心血；一名年轻的医疗忍者则将最后一批疫苗样本装进冷藏箱，确保方舟上的人能抵御常见疾病。
在海底极深处的方舟基地，登船过程同样在进行。潜水艇将登船人员送到方舟旁，巨大的舱门打开，人们在水下机器人的引导下，有序地进入方舟。透过方舟的舷窗，能看到外面漆黑的海水，以及远处游动的巨大海洋生物——这里曾是人类难以触及的深海，如今却成了文明延续的避难所。
异空间夹缝中的方舟基地则更为隐蔽，方舟被隐藏在空间裂缝中，只有通过特定的通灵术才能进入。登船人员在暗部的护送下，通过通灵阵进入异空间，看着眼前悬浮在虚空中的方舟，眼中满是震撼与希望。
与此同时，忍界的防御工事也进入了最高战备状态。木叶的城墙上，忍者们加装了最新研发的“源生净化炮”，炮口对准天空；砂隐的沙漠中，我爱罗指挥着忍者们构建巨大的沙层防御矩阵，沙粒中融入了源生之力，能抵御寂灭能量的侵蚀；岩隐的山脉中，土影下令启动地下工事，将平民转移到安全的地下掩体，忍者们则在山脉顶部布置了封印术阵；水影的舰队在海域巡逻，舰船上的能量护盾全部开启，随时准备应对来自海上的攻击。
绝望的氛围在忍界蔓延，但更多的人选择了坚守。在木叶的训练场上，年轻的忍者们还在加紧训练，汗水浸透了他们的战甲，却没有一个人停下；在普通的村落里，村民们自发组织起来，准备武器和物资，誓与家园共存亡；在联盟总部，科研人员们还在加班加点，试图研发出更强的防御武器，哪怕只有一丝希望，也绝不放弃。
鹿丸站在指挥中心的窗前，看着下方忙碌的街道，心中满是复杂的情绪。他知道，方舟的启航意味着一部分人的希望，也意味着另一部分人的牺牲。但他更相信，只要还有人坚守，只要文明的火种还在，忍界就不会彻底毁灭。“我们会守住这里，”鹿丸低声自语，眼中闪过坚定的光芒，“等你们回来，一定会看到一个完整的忍界。”
星空深处，方舟的引擎缓缓启动，淡蓝色的火焰在太空中划出耀眼的轨迹，朝着远离忍界的安全区域飞去。它们承载着文明的希望，也承载着忍界所有人的期待，在黑暗的宇宙中，如同点点星光，照亮了文明延续的道路。