纪元方舟在无垠虚空中缓缓前行，舰身流转着九个纪元凝聚的智慧光华。宁采臣立于舰首，手持万物权杖，权杖顶端的嫩芽在虚空中洒下点点生机，所过之处枯萎的星域重新焕发光彩。方舟内部，万千世界的生灵在战神英灵的守护下渐渐苏醒，开始重建故土文明。
航行第七日，方舟前方突然出现一片破碎的星域。无数世界残骸漂浮在虚空中，有些还在燃烧着末日的火焰。一群衣衫褴褛的逃亡者从残骸中现身，为首的是位独目老者，手中拄着一根用世界树枝条制成的拐杖。
止步！老者用拐杖划出一道结界，你们可是从第九养殖场来的？
宁采臣微微一怔：养殖场？
老者苦笑：看来你们还不知道自己的处境。我们都是来自不同养殖场的逃亡者，每个养殖场都是一个被操控的世界树体系。他指向身后残破的星域，这里是第十八养殖场的残骸，三天前刚被清理者彻底摧毁。
独目老者自称青冥道人，是第十八养殖场的守树人。他告诉宁采臣，万物之源确实存在，但早已被源初之暗污染。现在的母亲树正在疯狂吞噬各个养殖场的力量，试图对抗污染，却在这个过程中逐渐失去理智。
你们所谓的上苍之上，不过是母亲树创造的清洁工。青冥道人叹息道，他们以为在保护母亲树，实则是在加速她的疯狂。
正当宁采臣沉思时，方舟内部突然传来警报。星宫主留下的那枚黑色碎片不知何时已经生根发芽，长成一株诡异的黑树，正在疯狂吸收方舟的能量。更可怕的是，所有接触过黑树的人都开始出现异变，额间生出第三目，变得冷漠无情。
是净化之种！青冥道人惊呼，星宫主竟然将这种东西带上了方舟！这是母亲树用来净化叛徒的武器，被种下的人都会失去自我，成为只知道执行命令的傀儡！
宁采臣立即带领众人赶往黑树所在的核心舱室。只见黑树已经长得顶天立地，树干上浮现出星宫主狰狞的面容：宁采臣，你以为赢了吗？我早已将自己的灵魂与净化之种融合，现在整艘方舟都是我的身体！
黑树突然伸出无数枝条，如同触手般抓向众人。被触碰的人立即开始异变，转身攻击同伴。方舟内顿时陷入混乱，到处都是厮杀声和惨叫声。
宁采臣挥动万物权杖，权杖光芒所及之处，异变暂时消退。但他发现黑树的力量远超想象，就连万物权杖都无法将其彻底净化。
没用的！星宫主狂笑，净化之种源自母亲树，你的权杖也是母亲树力量的一部分，怎么可能伤害到自己？
危急关头，青冥道人突然割开自己的手腕，将鲜血洒在黑树上：以守树人之血，唤醒真正的意识！他的血液在黑树上形成奇特的符文，星宫主的惨叫声随之响起。
你在做什么？快住手！星宫主的声音开始扭曲，这不是净化之种...这是...
黑树突然剧烈震动，树干裂开，露出一枚跳动的心脏。青冥道人虚弱地笑了：这当然不是净化之种，而是我埋下的觉醒之种。星宫主，你太渴望力量，甚至没有发现种子的异常。
觉醒之种发出柔和光芒，被异变的人们渐渐恢复神智。星宫主的残魂被光芒包裹，化作一枚黑色的果实挂在树上。
这是...宁采臣感受到果实中熟悉的气息。
青冥道人点头：星宫主已经与觉醒之种融合，现在他是方舟的导航者了。毕竟他曾经最接近母亲树，能带我们找到正确的归源之路。
突然，方舟剧烈震动。虚空之外，一场波及无数世界的战争正在上演。宁采臣看到母亲树的枝条正在与漆黑的阴影搏斗，每一个碰撞都有世界崩毁。而那些所谓的清理者，正在无情地摧毁被阴影污染的世界。
源初之暗...青冥道人神色凝重，母亲树正在与之对抗，但她已经渐渐被黑暗侵蚀。我们必须尽快抵达万物之源，在她完全堕落之前唤醒她的本心。
宁采臣握紧权杖，感受到母亲树痛苦的呼唤。他转身对众人道：加速前进！我们要在母亲树完全堕落前抵达万物之源！
方舟冲破重重阻碍，向着战场中心驶去。越是靠近万物之源，战斗就越是惨烈。宁采臣看到有些世界树已经完全被黑暗吞噬，变成了扭曲的可怖形态；有些则在母亲树的枝条保护下苦苦支撑。
就在方舟即将冲入战场核心时，一道熟悉的身影突然出现在虚空之中。那人手持与宁采臣相似的权杖，额间有着与母亲树同源的印记。
停下！那人喝道，再前进就会惊醒沉睡的源初之暗本体！
宁采臣震惊地发现，那人竟与他有着七分相似的面容。万物权杖在他手中发出共鸣，仿佛遇到了同源的力量。
青冥道人突然跪倒在地，声音颤抖：参见...初代守树人！
那人目光扫过方舟，最后落在宁采臣身上：孩子，我等你很久了。我是宁远，你的父亲，也是第一个发现母亲树秘密的守树人。
宁采臣如遭雷击，手中权杖几乎脱手。在他记忆里，父亲早在他幼年时就已病故，怎么会...
宁远苦笑：我知道你有很多疑问。但现在，请相信我，立即改变航向。源初之暗正在苏醒，我们必须...
话未说完，虚空突然裂开巨大的缝隙。一双比星辰还要巨大的眼睛在黑暗中睁开，凝视着方舟。那目光所及之处，连时光都开始腐朽。
太迟了...宁远叹息，它醒了。