岭南的繁荣景象持续了五年，启智学堂已培养出数百名秀才、数十名举人，周小宝和林文轩更是考中进士后，婉拒了京城的官职，回到岭南担任梧州府通判和医官，继续辅佐苏墨治理地方。这年秋末，沿海渔村突然传来急报——大批海寇乘船袭扰，烧杀抢掠，不仅劫掠了渔船和粮食，还占据了两座沿海小镇，百姓们流离失所，纷纷向府衙求救。
苏墨接到急报时，正在与周砚、周小宝、林文轩商议推广新式农具。听闻海寇作乱，他立刻站起身，沉声道：“海寇肆虐，百姓遭殃，我们必须立刻出兵平乱！赵都尉的戍边军队可调集三千人，再征召沿海渔民中的青壮年，组成民团，协同作战。”
周小宝眉头紧锁：“苏大人，海寇熟悉海路，且船只灵活，我们的陆军在海上难以发挥优势。而且沿海小镇地形复杂，易守难攻，硬拼怕是会有不小的伤亡。”
林文轩补充道：“我已经收到消息，海寇中不少人携带疫病，小镇上已有百姓出现发热、呕吐的症状，若不及时控制，恐怕会蔓延开来。”
苏墨点了点头：“你们说得都有道理。兵分三路，一路由赵都尉率领，驻守沿海要地，防止海寇进一步深入；二路由周小宝负责，利用你的算术知识，规划粮草转运路线，组织民团打造简易战船和防御器械；三路由林文轩带领，组建医疗队，前往小镇救治百姓，防控疫病。我亲自坐镇指挥，务必尽快击退海寇，恢复沿海安宁。”
军令一下，众人立刻行动。周小宝赶往沿海渔村，召集渔民中的能工巧匠，根据海寇船只的特点，设计出“连环快船”——船体小巧灵活，两侧装有铁制撞角，船尾设有投石机，适合近距离作战。他还利用算术知识，计算出粮草转运的最优路线，确保军队和民团的补给及时到位。“每艘战船配备三十人，十名弓箭手，十五名投石手，五名舵手，这样的配置既能进攻又能防御。”周小宝一边画图纸，一边向工匠们讲解。
林文轩则带着医疗队，背着装满草药和医疗器械的药箱，火速赶往被海寇侵扰的小镇。小镇上一片狼藉，房屋被烧毁，百姓们无家可归，不少人受伤或感染疫病。林文轩立刻指挥医疗队员搭建临时医棚，为伤者清理伤口、涂抹药膏，又用艾草、金银花等草药熬制防疫汤，分发给百姓们饮用。“大家不要慌，这疫病可防可治，只要勤洗手、喝防疫汤、避免聚集，就能有效防控。”他一边救治百姓，一边安抚大家的情绪。
苏墨则与赵都尉商议作战方案。赵都尉说道：“海寇占据的两座小镇，互为犄角，我们若攻打其中一座，另一座的海寇就会前来支援。而且他们的船只停泊在港口，随时可以撤退，很难一网打尽。”
苏墨沉吟道：“我们可以声东击西。先派一部分军队，佯攻东边的小镇，吸引海寇的注意力，再派主力部队，乘坐周小宝打造的连环快船，突袭港口，烧毁他们的船只，切断他们的退路。同时，让民团在小镇外围布防，防止海寇突围。”
作战计划确定后，军队和民团立刻行动。佯攻部队在东边小镇外擂鼓呐喊，摆出攻城的架势。海寇果然上当，将大部分兵力调往东边小镇防守。此时，苏墨率领主力部队，乘坐数十艘连环快船，悄悄逼近港口。周小宝亲自掌舵，指挥战船避开海寇的巡逻船只，迅速靠近港口。
“放投石机！”随着苏墨一声令下，战船上的投石机纷纷发射，石块和燃烧的火球砸向海寇的船只。海寇的船只瞬间燃起大火，船上的海寇惊慌失措，纷纷跳水逃生。周小宝趁机指挥战船冲上前，用铁制撞角撞向剩余的船只，将其撞沉。
港口的火光惊动了小镇上的海寇，他们知道退路被断，顿时军心大乱。苏墨率领军队和民团趁机攻城，士兵们奋勇杀敌，民团成员也不甘示弱，拿起锄头、渔叉与海寇搏斗。周小宝在战场上灵活指挥，利用地形优势，引导军队包抄海寇；林文轩则带着医疗队，在战场后方救治受伤的士兵和民团成员。
经过一日一夜的激战，海寇终于被击退，两座沿海小镇被成功收复。此次战役，共烧毁海寇船只二十余艘，歼灭海寇五百余人，俘虏三百余人，岭南沿海恢复了安宁。
战后，苏墨和周砚、周小宝、林文轩来到小镇，安抚百姓，重建家园。周小宝负责规划小镇的重建方案，用算术知识合理分配土地和物资；林文轩则继续留在小镇，救治受伤的百姓，防控疫病。百姓们看着重建的家园和忙碌的官府人员，纷纷感激道：“多谢苏大人，多谢各位大人，是你们救了我们，给了我们新的生活！”
海寇之乱平定的消息传到京城，皇帝再次下旨嘉奖苏墨等人，称赞岭南不仅文风兴盛、民生富庶，还具备强大的防御能力，是全国的典范。不少周边省份纷纷派人前来岭南，学习防御海寇、治理地方的经验。
府衙后堂，苏墨和周砚、周小宝、林文轩相对而坐，脸上带着疲惫却欣慰的笑容。周砚端起茶杯，说道：“这次能顺利击退海寇，多亏了小宝设计的战船和粮草规划，还有文轩的疫病防控，真是英才辈出啊。”
周小宝腼腆地笑了笑：“这都是苏大人和周先生教得好，我们只是做了分内之事。”
林文轩也说道：“经过这次战乱，我发现岭南的医疗和防御还需要进一步加强。我想在沿海各地设立医馆和防疫站点，同时教百姓们一些基本的防御知识，让大家能更好地保护自己。”
苏墨点了点头：“说得好。接下来，我们要加强沿海的防御建设，修建炮台和防御工事；推广医疗和防疫知识，在各地设立医馆和学堂；还要鼓励渔民组建海上巡逻队，及时发现和防范海寇。只要我们团结一心，就没有克服不了的困难。”
窗外，月光皎洁，照亮了梧州府的每一个角落。经历了海寇之乱的岭南，并没有因此消沉，反而变得更加坚韧和团结。苏墨和他的弟子们知道，守护岭南的使命永远不会结束，但只要他们携手并肩，心中装着百姓，就一定能让岭南这片土地，永远安宁繁荣，永远绽放光芒。