随着朱慈炤的身体逐渐康复，以及他对南京朝廷运作的初步了解，朱慈烺开始考虑如何安排这位失而复得的亲弟弟。直接恢复其亲王身份，昭告天下，固然可以提振民心，但也可能引发不必要的朝局震动，尤其是那些对“藩王”身份敏感的官员，以及担心出现新的权力中心的勋贵。
深思熟虑后，朱慈烺决定采取一种更为稳妥和富有深意的方式。这一日，他下了一道旨意，以“永王殿下于北地颠沛，饱经忧患，熟知虏情民瘼”为由，特旨允其“参赞机务，入阁观政”，但不设具体职司，亦不参与日常朝会，主要是在御前会议或朱慈烺咨询时，提供意见。
这道旨意，既肯定了朱慈炤的尊贵身份和特殊价值，又避免了他过早地卷入复杂的朝堂纷争，给了他一个缓冲和学习的机会。朱慈炤对此安排心领神会，感激皇兄的体贴与保护。他开始如饥似渴地阅读朝廷邸报、奏章副本，虚心向史可法、黄道周等老臣请教，努力弥补这两年缺失的“功课”，并时常将自己在北京、在流亡途中、在芒砀山的见闻与思考，禀报给朱慈烺，提供许多来自底层的、鲜活的参考信息。
朱慈烺很快发现，朱慈炤对清廷地方治理的弊端、绿营兵的虚实、乃至北方民心的向背，有着极为敏锐和准确的判断。他的许多建议，虽然略显稚嫩，却往往能切中要害，给朱慈烺带来了不少启发。兄弟二人一个掌控全局，一个提供细节，配合日渐默契。
然而，阳光之下必有阴影。朱慈炤的悄然回归和“参赞机务”的身份，尽管保密工作做得极好，但时间稍长，难免在一些最顶层的圈子里透出风声。这如同在看似平静的湖面下，投下了一颗石子，激起了层层隐秘的涟漪。
一些原本因为皇帝无其他兄弟而不得不全力效忠的官员，心中开始泛起别样的心思。永王殿下既然归来，且陛下似乎颇为倚重，那么未来的朝局是否会发生变化？是否应该提前“烧烧冷灶”？
而另一些对皇帝新政不满，却又不敢明着反对的势力，则暗中窥视，试图寻找这位新出现的亲王与皇帝之间可能存在的嫌隙，以期加以利用。
这一日，韩赞周密报朱慈烺：“陛下，老奴侦知，近日有致仕的南京礼部侍郎，以及几位与苏松士绅往来密切的御史，曾秘密聚会，言语间提及永王殿下，似有试探之意。还有……魏国公家的余孽，似乎也在暗中活动，试图打听殿下之事。”
朱慈烺闻言，眼神瞬间冷了下来。他深知皇权的诱惑和人性之恶，绝不允许任何人、任何势力，离间他们兄弟之情，或将慈炤卷入政治斗争的漩涡。
“给朕盯死了他们！”朱慈烺语气森然，“若有任何人，敢私下接触永王，或散布任何不利于兄弟和睦之言辞，无论其官居何位，背景如何，立即锁拿，严惩不贷！告诉慈炤身边伺候的人，严守本分，若有半分差池，全部处死！”
“老奴明白！”韩赞周感受到皇帝的杀意，心中一凛，知道这是绝不可触碰的逆鳞。
内部的暗涌被朱慈烺以铁腕强行压制下去。而与此同时，利用清廷内乱的战略机遇，南明在各条战线上都取得了积极的进展。
江北，史可法派出的小股精锐与李定国部配合，成功在山东兖州府、河南归德府交界处，拔除了几个清军的孤立据点，将两块小型根据地连成一片，使得清廷在这一区域的统治更加摇摇欲坠。
海上，张煌言指挥靖海营，连续清剿了数股盘踞在嵊泗列岛、骚扰商船的海盗，并击沉了试图南下的几艘清军侦察船，牢牢掌控了制海权。
西南，陈子龙利用朝廷的支持和刘文秀、艾能奇对孙可望的不满，成功策反了孙可望麾下数名重要将领，使得孙可望进一步被孤立，困守夔州孤城，进退维谷。
一切，似乎都在朝着有利于南明的方向发展。但朱慈烺清楚，真正的考验，或许就在清廷内部权力斗争尘埃落定之后。