量劫平息后，洪荒大地虽重归安宁，却留下不少创伤：部分灵脉节点被劫煞侵蚀得灵光黯淡，偏远部族的房屋与药田损毁严重，还有些弟子因抵御劫煞耗损了道基。林越与苏清瑶商议后，定下“先固灵脉、再济民生、后传道统”的重整之策。
二人兵分两路：林越带着阵道弟子与龙族水工，遍历受损的灵脉节点。对轻微受损的节点，补刻“灵脉修复纹”；对损毁严重的东域箕水豹节点与西域奎木狼节点，则动用星髓与灵脉本源晶，重新搭建阵基。龙族弟子擅长引动地下水脉，配合林越的阵术，短短十日便让半数灵脉恢复了流转。
苏清瑶则带着药阵弟子，深入各受损部族。她不仅带来疗伤与补道基的药纹阵盘，还教部族百姓种植“清劫草”与“凝灵麦”——清劫草可净化土壤中的劫煞余毒，凝灵麦能快速成熟，解决粮食短缺之困。在南域一个几乎被劫煞夷平的人族村落，苏清瑶以先天木灵之力催动灵种，让荒芜的土地上迅速长出青芽，村民们望着破土的绿意，纷纷跪地致谢：“仙子再造之恩，我族没齿难忘！”
半月后，灵脉与民生渐趋安稳，林越与苏清瑶将重心放在“道统传承”上。他们将灵溪谷学堂扩建为“洪荒药阵院”，设“阵道部”“药部”“实战部”三部：阵道部由林越亲授，从基础符文到三重防线大阵的布设，倾囊相授；药部由苏清瑶执掌，传授草药培种、丹药炼制与药纹配比之术；实战部则由赵公明、文殊等人轮流授课，教弟子们如何运用药阵抵御凶险。
药阵院首次招生便引来数千弟子，其中既有三教精英，也有部族子弟，甚至有几位隐世的老修士闻讯而来：“林尊长、苏仙子，我等钻研阵术或医术数百年，却不知二者可如此相融，愿来求学，日后也能为洪荒尽一份力。”
林越欣然接纳，还特意开设“交流堂”，每月初一让各族弟子与老修士切磋技艺。一次交流中，一位擅长“迷阵”的老修士与苏清瑶合作，将迷阵与“醉魂草”药纹结合，研制出“迷瘴阵”——既能困住魔物，又能以药香净化邪祟，比单纯的迷阵更具实效。林越见状大喜，当即下令将“迷瘴阵”纳入实战课程，供值守防线的弟子学习。
与此同时，四位圣人也有感于药阵之法的妙用，决议推动三教阵术与西方医术的融合。元始天尊让阐教十二金仙将“八卦阵”的要义传入药阵院，与林越的混沌阵道互补；接引、准提则送来西方“梵音净化术”，与苏清瑶的药疗之术结合，能更快稳固受损道心。
这日，林越正在药阵院授课，讲解“灵脉与阵术的共生之道”，台下弟子突然提问：“尊长，三重防线虽强，却需专人值守，若日后再遇量劫或天外凶险，弟子们如何能快速支援各节点？”
林越沉思片刻，笑道：“你问得好。我正打算布‘万灵传讯阵’，以药阵院为中枢，连接所有部族与节点，只需捏碎对应的传讯玉符，便能实时传递消息，还能借阵纹输送灵力支援。”
苏清瑶立刻补充：“我可在传讯玉符上刻‘应急药纹’，若遇危急，玉符能释放出短期防护灵光，为支援争取时间。”
二人说干就干，耗时一月，“万灵传讯阵”终于落成。当最后一枚传讯玉符嵌入阵眼，洪荒各地的节点与部族同时亮起灵光，值守弟子手持玉符试传消息，不过瞬息，药阵院的中枢玉盘便收到了反馈。“太便捷了！”弟子们欢呼不已，“往后不管哪里出事，我们都能立刻赶到！”