话说大明宣德年间，应天府上元县有个秀才姓沈名谦，表字文和，祖上三代悬壶济世，传至文和这辈却弃医从文。其人眉目疏朗，性喜山水，常负笈游学。这年清明方过，文和携书童墨鸣往姑苏访友，舟行至太湖烟波深处，忽见西北方黑云压顶，舟子惊呼：“龙吸水矣！”但见涡旋接天，白浪如山，一叶扁舟如败絮般卷入旋涡。
文和正惶惧间，忽闻凄楚呜咽之声，定睛望去，竟见漩涡中有青衫老者抱木浮沉。当下顾不得凶险，急令舟子抛缆相救。那老丈得救时已气息奄奄，怀中紧抱个紫檀医箱，鎏金锁头刻着“青囊”二字。文和试其脉象，竟是油尽灯枯之兆，连忙施以祖传金针之术。
老者苏醒后长叹：“老朽秦九襄，本欲携祖传秘术赴金陵救人，岂料天降横祸。今蒙君子搭救，愿以《青囊经》三卷相赠。”遂开医箱取出一函古册，羊皮封面泛着幽蓝光泽。文和推辞道：“小生略通岐黄，岂敢受此重宝？”老者正色道：“医道贵在传承，观君施针手法，乃沈济舟先生后人。昔年先师与沈公在华山论医，曾订下青囊之约...”语未竟忽喷血不止，竟溘然长逝。
文和悲恸不已，依礼将老者葬于太湖西山梅林，守墓三七之期。每夜展卷研读，方知此经载有“移星换斗针”、“观气辨疽术”等失传绝学，更有百余奇方，竟有起死回生之论。期满那夜忽梦老者执手嘱托：“金陵有痘疫将发，可用经中‘百花辟疠汤’解救，然切记医者七戒，尤不可施术求禄...”
翌日启程赴金陵，方入城郭便闻满城悲声。原来痘疫横行，十户九哀。文和忆起梦中嘱咐，当即赁下永宁寺旁废宅，依经方采买药材。说也奇哉，那药方需以寅时荷花露配伍，文和夜宿玄武湖采露时，竟见荷丛中浮着个昏迷女童，额间朱砂痣殷红如血。救醒后问之，乃织造局匠户苏氏之女，名唤蘅娘，年方十二，父母皆亡于痘疫。
文和心生恻隐，遂收为药童。这蘅娘虽年幼，却颖悟非常，煎药分剂毫厘不差。更奇者，每与文和同制辟疠汤，药效便增三分。不过旬日，求医者塞巷填街。这日忽有豪奴开道，八抬大轿停驻医庐前，竟是魏国公府长史前来，言府中郡主染疫危殆。文和立即携蘅娘往诊，见那郡主面紫息微，痘疮尽黑，显是毒入膏肓。
依经载秘法，需以金针度穴辅以紫雪丹。施针时蘅娘忽指郡主右臂疑云：“先生瞧这痘丛中是否隐着青纹？”文和细观果见蛛网状青痕，正是经中所言“蛛丝痧”凶兆，急改换“北斗叩阙”针法。三更时分郡主忽呕黑血升许，继而热退神清。国公大喜，赐金百两，文和却谨记梦中戒训，只取诊资三钱。
谁知这番动静惊动了太医院判王济仁。此人素以“金针王”自诩，闻得文和医术神妙，假意来访。恰逢文和出诊，王院判在药房见那《青囊经》抄本，翻至“逆生死脉”篇时瞳孔骤缩——原来宫中贵妃罹患怪疾，症状与此篇所载一般无二。当夜便有心腹小吏携厚礼来聘，言明请文和入太医院供职。文和婉拒道：“山野之人，岂敢圣前献拙？”
转眼重阳又至，痘疫渐息。这日文和带蘅娘登栖霞山采药，忽于红叶深处遇一道姑，碧玉拂尘扫过蘅娘额间朱砂痣，愕然道：“此女乃‘药檀骨’，百年难遇的医道奇才，然命中带煞，双亲必遭横死...”文和愠怒打断：“仙姑慎言！”道姑却凝望文和面容良久，忽掷签语：“青囊重开日，紫微照影时。欲解生死劫，须寻明月枝。”言罢飘然而去。
腊月里忽有急症患者叩门，称是扬州盐商家眷。文和连夜赴诊，归时却见医庐焚为白地，邻人哭告有官差以“施邪术”为由搜走全部医书。蘅娘因往鸡鸣寺送药侥幸得免。文和愤然往应天府衙理论，反被以“妄议朝政”收监。原来那王院判治不好贵妃怪疾，恐皇帝降罪，便诬陷文和用巫蛊之术。
阴暗牢中，文和正自悲愤，忽闻铁链响动，狱卒引来个蓬头垢面的老囚。那人见文和囚衣下露出金针囊，猛地扑上前抓住针囊暗绣的“沈”字，颤声问：“公子莫非姑苏沈济舟后人？”原来此人竟是三十年前失踪的御医崔文素，与文和祖父乃同门师兄弟。他泣告当年王济仁为夺师传《灵枢秘要》，竟在御药中做手脚诬陷于他。
崔御医夜半咳血将亡，临终前取出贴身珍藏的半片玉玦：“此乃师门信物，另半片在秦师兄处...《青囊经》实有上下两卷，下卷载有‘换髓续命法’，然需药檀骨者为引...”言未尽而气绝。文和悲恸间忽悟道姑签语，那“明月枝”莫非指秦淮明月坊？趁狱卒换班时，将玉玦藏于粥碗递与蘅娘。
且说蘅娘得玉玦后，依文和暗中指点往明月坊寻访。坊间最有名的却是位盲眼琴伎，人称“明月先生”。这女先生抚着玉玦忽然泪下：“秦师兄终究先我而去...”原来她竟是《青囊经》下卷传人，本与秦九襄有白首之约，因试药盲双目，不愿连累师兄而隐市井。当下取出一卷银丝缝合的帛书：“下卷在此，然欲成换髓术，需药檀骨者以心血为引，施术者亦将折寿...”
正当蘅娘携书归来时，文和在狱中忽被提出。原来贵妃病情加剧，王院判只得奏称文和能治，实欲将罪责推卸。宫轿直抬入禁苑，但见贵妃面色金纸，脉象如雀啄食——正是经中所载“锁喉风”死症。文和奏曰：“需以金针渡穴，然请赦扬州冤狱七十三人。”皇帝急准。
施针时王院判却暗中将文和金针偷换为磁针。文和取针时忽觉沉重，心知有诈，当即扯下发带裹手隔针。九针施罢贵妃呕出瘀血，王院判突然发难：“逆贼竟用磁针施巫！”文和朗笑：“若非隔以丝帛，磁针早附龙椅金饰。大人怎知针具被换？”皇帝震怒，令查王院判府邸，竟搜出与边将往来密信，谋逆事发。
文和救驾有功，敕封太医院判。却于颁旨当夜挂冠而去，携蘅娘隐居于太湖西山。每晨启窗时，总见案头置着新采药材，门楣悬起病家答谢的腊肉。这日风雪叩门，开扉见一道姑负垂死者至，竟是当年栖霞山遇者。救醒那人后，道姑忽指蘅娘额间朱砂痣笑曰：“可记得‘紫微照影’之语？”文和蓦然惊觉蘅娘眉目竟与贵妃有七分相似。
原来贵妃本有孪生妹妹，幼时因宫闱斗争被嬷嬷抱出，流落民间成为织户女。道姑叹道：“今上无子，贵妃若崩则国本动摇。然贵妃体弱难孕，若寻得胞妹...”蘅娘忽跪泣曰：“愿代姊入宫。”文和大惊：“宫门深似海！”蘅娘却笑：“非贪富贵。先生岂不闻《青囊经》序言：上医医国，其次医人...”
三年后元宵，已为昭仪的蘅娘忽遣内侍密召文和。原来皇帝突发风痹，太后竟令昭仪侍疾——实欲行汉武帝钩弋故事。文和夜半潜行至宫苑，见蘅娘泪湿罗帕：“妾身有孕矣，然太后已赐鸩酒...”文和忆起《青囊经》末篇“李代桃僵方”，需以医者心头血混药。当即刺胸取血调制药丸，服后脉象竟与中毒无异。
翌日昭仪“暴毙”，灵柩送出玄武门时，忽有西山医庐药童们拦轿哭丧——竟是障眼法。真棺早已换作陶瓮，文和于京郊别院救醒蘅娘时，忽见案头《青囊经》无风自翻，墨字渐融为秦老丈留书：“青囊非经，仁心为术；破卷得道，舍身成仁。”
忽闻蹄声如雷，竟是太后心腹追至。文和急携蘅娘避入深山，产婆惊呼：“娘子是双胎！”蘅娘气若游丝：“请先生以金针取子...”文和手颤不能施针。蘅娘笑抚其手曰：“昔年太湖初遇，妾身本已绝生机，得先生施救多活三载，今又以命续国祚，足矣。”言罢气绝。
文和抱双生子立于悬崖，追兵火把已映红天穹。忽见那道姑乘鹤而至，掷下百花编绳：“系好婴孩！”待文和系牢双生子，绳端忽生巨力将婴儿提上鹤背。道姑朗笑：“青囊一脉不绝，二十年后自有因果！”言毕鹤唳九天，追兵俱惊伏在地。
晨光熹微时，文和独坐孤峰，掌中半片玉玦忽绽紫光。东望金陵城阙，闻钟鼓齐鸣——新帝登基矣。山风拂开《青囊经》末页，显出秦老丈朱批：“世人所求者长生，医道所求者舍生。青囊非卷帙，乃代代赴死之心也。”
文和大恸三声，继而长笑。掷经于深渊，散金针于云海，自此浪迹江湖。每逢疫病流行处，总有青衫郎中施药，民间称为“青囊客”。有小儿歌谣传唱：“青囊开，紫微来；明月枝上药檀栽。金针度尽苍生厄，不求人间万户侯。”
这正是：
太湖烟雨葬遗编，金阙深宵磁针寒。
谁言青囊终湮灭？仁心代代薪火传。