黑鸦组织主要阴谋被挫败的三个月后，东京的春天如约而至。警视厅举行了一场内部表彰大会，星野异、降谷零等六人因在“零计划”事件中的卓越表现，获得了特别嘉奖。表面上是为装备展成功举办进行的常规表彰，实则是高层对摧毁黑鸦组织阴谋的隐秘肯定。
表彰会后，六人被召集到警视总监中村办公室。中村总监亲自为他们佩戴奖章，眼神中既有感激也有沉重。
“黑鸦组织表面已被瓦解，但其根系深远，不可能一夕之间连根拔起。”中村总监递给他们一份密封文件，“经过高层讨论，决定成立一个特别行动小组，专门负责追查黑鸦组织残余势力及其他潜在威胁。”
降谷零打开文件，眼中闪过惊讶：“‘特殊案件综合分析组’？直属警视总监管理？”
中村点头：“这是我能争取到的最佳方案。小组表面上负责分析陈年旧案，实则有权限调查任何与黑鸦组织相关的案件。你们六人将是小组的核心成员。”
星野异仔细阅读文件内容：“跨部门协作权限、直接调阅机密档案权、甚至有限度的跨境调查权...这个小组的权限非同一般。”
“正因为权限特殊，所以必须绝对保密。”中村总监严肃地说，“除了我们几人，警视厅内不超过五位高层知道这个小组的真实职能。”
新的任命意味着六人组终于可以正式合作，而不用再依靠秘密会面。小组办公室设在警视厅旧馆一个不起眼的角落，门上只挂着“档案分析室”的牌子。
搬入新办公室的第一天，松田阵平一边组装电脑一边调侃：“从机动队的拆弹专家变成档案分析员，这职业转折有点大啊。”
萩原研二笑着接话：“至少我们不用再找借口见面了。不过小阵平，你确定你会用这些分析软件吗？”
“少瞧不起人！”松田不满地反驳，却不小心碰掉了电源线，引得众人发笑。
轻松的气氛中，星野异却站在窗边，望着远处的东京塔出神。降谷零走到他身边：“担心吗？”
星野异微微摇头：“只是觉得，这一切顺利得有些不真实。黑鸦组织经营数十年，怎么可能如此轻易就被击败？”
他的担忧很快得到了验证。小组接手的第一个案件是一起看似普通的艺术品走私案，但调查中他们发现，走私网络使用的加密通信方式与黑鸦组织如出一辙。
“这不是简单的残余势力，”诸伏景光分析着截获的通信记录，“他们的运作比之前更加谨慎和专业。”
伊达航从基层收集到的情报也证实了这一点：“几个原本与黑鸦组织有关的帮派最近恢复了活动，但行事风格完全改变，更加隐秘和高效。”
更令人不安的是，小组发现警视厅内部的信息保密系统遭到多次入侵尝试，明显是有人想了解这个新成立的“档案分析室”的真实活动。
一天深夜，星野异独自在办公室分析走私案的线索，突然收到一条加密信息：“小心你信任的人。黑鸦未死，只是沉睡。——知情人”
信息的发送源被高度伪装，无法追踪。星野异立即召集其他成员，分享了这个警告。
“内部有叛徒的暗示？”降谷零皱眉，“但我们六人不可能...”
“不一定是我们中的谁，”星野异打断他，“可能是能够接触到我们信息的高层，或者是技术支持人员。”
为了安全起见，小组决定自建一个独立的通信网络，并严格限制信息的知情范围。同时，他们加大了对艺术品走私案的调查力度，相信这是揭开新黑鸦组织面纱的关键。
调查过程中，星野异和降谷零不得不伪装成艺术品买家，潜入一个高级拍卖会。这是他们首次以搭档身份执行卧底任务，两人之间的默契令人惊讶。
“没想到你对印象派绘画这么了解。”降谷零在拍卖会上低声对星野异说，他们正竞拍一幅可能藏有加密信息的画作。
星野异轻笑：“父亲生前是艺术收藏家，耳濡目染罢了。”
任务成功，他们获得了那幅画作，并在画框夹层中找到了一个微型存储设备。但返回途中，他们遭遇了伏击。
“他们的动作太快了，”星野异在枪战中掩护降谷零撤退，“仿佛早就知道我们的行动路线。”
降谷零点头：“有人泄露了我们的计划。”
两人侥幸脱险，但存储设备在交火中受损。松田阵平花了整整两天时间才修复部分数据，提取出的信息令人震惊：黑鸦组织不仅仍在运作，而且正在进行一项名为“涅盘计划”的新阴谋。
“涅盘计划...”萩原研二沉吟，“听起来像是要重生。”
诸伏景光对比了多个信息源：“近期有多位前黑鸦组织成员离奇死亡，表面上是意外或自杀，但手法过于一致。”
伊达航提出一个令人不寒而栗的假设：“如果这不是清理残余，而是...灭口呢？因为一个新的、更加极端的派系正在接管组织？”
这一假设得到了越来越多证据的支持。小组发现，新黑鸦组织的行动更加激进，不再满足于渗透和控制，而是倾向于直接破坏和重建。
与此同时，六人之间的关系也悄然发生变化。共事的日子让彼此的了解更加深入，那些在警校时期萌芽的情感，在生死与共的经历中愈发强烈。
一个雨夜，小组加班分析最新线索。其他人都离开后，星野异独自站在白板前，上面密密麻麻地写着案件关联图。降谷零返回办公室取遗忘的物品，看到星野异专注的侧脸，不由得停下脚步。
“你总是把自己逼得太紧。”降谷零轻声说。
星野异转身，略显惊讶：“零？我以为你回去了。”
降谷零走到他身边，两人并肩看着复杂的案件关联图。空气中弥漫着一种微妙的张力，几个月来积累的情感在沉默中几乎触手可及。
“星野，”降谷零罕见地犹豫了一下，“有些话我早就该说...”
就在这时，办公室的电话突然响起。星野异接起电话，脸色逐渐凝重。挂断后，他对降谷零说：“中村总监遇袭，重伤入院。”
新的战斗号角已经吹响。黑鸦组织不仅没有消失，反而以更加危险的形态卷土重来。而特别行动小组的六人，将再次站在风暴的最前沿。
离开警视厅时，星野异注意到街角有一个熟悉的身影一闪而过。那是他在警校时期见过的神秘人，与黑鸦组织有着千丝万缕的联系。
“游戏才刚刚开始。”星野异低声自语，眼中闪过坚定的光芒。