指挥室里，原本紧绷的气氛突然被打破——mAGI系统的提示音响起，屏幕上跳出一行清晰的文字：“检测到夜天使内部异常，初号机信号恢复！”
葛城美里猛地凑到屏幕前，眼睛瞪得通红，几乎不敢相信自己的眼睛：“信号……真的是初号机的信号？”她反复确认着数据，指尖因为激动而微微颤抖——那个被所有人默认“可能已经牺牲”的少年，竟然还活着。
就在信号恢复的瞬间，外界的夜天使发生了剧烈变化。悬浮在半空中的黑白条纹球形投影，突然裂开一道巨大的空洞，暗红色的血肉状物质从空洞中喷涌而出，溅落在地面上，发出滋滋的腐蚀声。
紧接着，第二道、第三道空洞接连出现，球形投影像被无形的力量撕扯，最终彻底崩解，化作漫天碎片消散在空气中。而在碎片中央，一道身影缓缓浮现——是初号机。
此刻的初号机悬浮在半空中，头顶竟浮现出一圈金色的光环，光芒柔和却带着令人窒息的威压，像传说中的神明降临。地面上的二号机、零号机，仿佛被这股威压震慑，机身微微颤抖。
“初号机……觉醒了？！”赤木律子盯着屏幕，脸上写满震惊，甚至忘了呼吸，“不可能！没有触发任何觉醒条件，为什么会出现这种情况？”她快速翻阅着 mAGI的实时数据，却找不到任何合理的解释——这超出了所有已知的 EVA理论。
可下一秒，金色光环像泡沫般消失，初号机的悬浮状态也随之结束，机体重重落在地面上，发出沉闷的声响，彻底停止了活动。即便如此，刚才那股“神明般的威压”，依旧烙印在每个人的脑海里，挥之不去。
救援人员迅速赶到初号机旁，打开插入栓——碇真嗣躺在 LcL液体中，双眼紧闭，已经陷入深度昏迷，脸上还残留着未干的汗水，嘴角却带着一丝极浅的、安心的弧度。
医护人员立刻将他抬上担架，送往医疗室紧急救治，关于“迪拉克之海内究竟发生了什么”，此刻无人能从他口中得到答案。
与此同时，搜寻空想天使的行动也在同步进行。军方、NERV的特工在第三新东京全域展开搜查，甚至调取了所有监控录像，却没有发现任何关于空想天使的踪迹。那个戴着巫师帽、骑着扫帚的灰发少女，仿佛从未出现过，只在众人的记忆里留下一道模糊的残影。
“空想天使就这么消失了？”葛城美里看着搜查报告，眉头紧锁，“它突袭夜天使，到底是为了什么？是为了阻止夜天使，还是为了别的目的？”一连串的疑问涌上心头，却找不到任何线索。
指挥室里，所有人都沉默着。夜天使被摧毁，碇真嗣获救，本该是值得庆祝的事，可初号机的“异常觉醒”、空想天使的神秘消失，却像两团迷雾，笼罩在每个人的心头。
窗外的天空渐渐泛起鱼肚白，新的一天即将到来。而这场危机留下的谜团，以及初号机那短暂却震撼的“神明之姿”，注定将成为 NERV无法忽视的秘密。
……
梦境里有久违的暖意。碇真嗣看着母亲温柔的侧脸，刚想伸手触碰，画面却突然模糊，父亲转身离去的背影取而代之，只留下他站在空荡荡的房间里。
直到熟悉的天花板映入眼帘，他才缓缓睁开眼，意识从混沌中抽离——这里是NERV医疗室，消毒水的味道里，还混着一丝若有若无的LcL气息。
“醒了？”御神言的声音在旁边响起，他靠在墙边，神色比平时柔和几分。
碇真嗣转头，又看到了床边的明日香和绫波丽，前者双手抱胸，眼神别扭地飘向别处，后者则直直地望着他，目光里没有了往日的空洞。
“你们……一直都在？”碇真嗣低声问，心里涌起一阵暖流，原来自己不知不觉间，也被这么多人在意着。他顿了顿，还是忍不住看向御神言，声音带着一丝忐忑：“御神司令，我……通过试炼了吗？”
御神言想起初号机头顶光环、撕裂夜天使的那一幕，指尖无意识地动了动，随即缓缓点头：“嗯，你做到了，你的努力值得认可。”
“太好了……”碇真嗣喃喃道，紧绷的神经骤然放松，眼泪毫无预兆地涌了出来。不是悲伤，也不是恐惧，是绝境重生后的释然，是被认可后的委屈，更是终于证明“自己能做到”的安心。
“喂！哭什么哭啊，真丢人！”明日香立刻别过脸，却忍不住吐槽，语气里藏着掩饰不住的关心，“以后不准再做这种危险的事了，没人想替你收拾烂摊子！”
绫波丽则往前挪了半步，轻声说：“我会继续驾驶零号机，希望能成为碇真嗣的力量。”
看着三人一哭一怼一认真的模样，御神言眼底掠过一丝笑意，悄悄转身离开，把空间留给了少年少女们。
可刚走到走廊，通讯器就急促地响起，里面传来操作员的汇报：“御神司令！紧急情况！第二支部用于研究的S2机关，在凌晨时段离奇消失，现场没有任何闯入痕迹！”
“S2机关？”御神言的脚步猛地顿住，眉头瞬间拧紧。S2机关是使徒的核心动力源，蕴含着近乎无限的能量，是NERV研究对抗使徒的关键，一旦落入敌人手中，后果不堪设想。他脑海里立刻闪过那些穿梭于不同时间线、以夺取关键物品为目标的身影，眼神瞬间变得冰冷：“是那些轮回者干的。”
走廊的灯光在他脸上投下明暗交错的光影，刚刚因碇真嗣通过试炼而稍缓的局势，被这突如其来的失窃案再次拉向紧绷。御神言抬手按住通讯器，声音沉得像冰：“立刻调取第二支部所有监控与人员记录，联系各支部封锁出入通道，绝不能让他们带着S2机关离开！”