留姬生日这天，阳光正好，启人揣着满心的秘密，正琢磨着怎么跟留姬说，大家打算在她家开个生日派对。可还没等他找到机会开口，留姬突然指着远处的铁路，惊呼一声：“那是什么？”
只见一辆不明列车在铁轨上疯狂直冲，速度快得惊人。几乎是同一时间，李阳的基尔兽和多路兽、李健良的大耳兽、树莉带着的狮子兽、博和的守卫兽、健太的海天使兽……所有驯兽师和他们的伙伴都察觉到了异常，纷纷朝着铁路赶去。
启人和基尔兽最先赶到。看清那“列车”的真面目时，两人都愣住了——那根本不是普通列车，而是机车兽！“基尔兽，进化！”启人一声令下，基尔兽进化成古拉兽，试图挡住机车兽，可对方冲势太猛，古拉兽力气不够，反而被狠狠撞开，摔在一旁。
“我去试试！”启人咬咬牙，趁着混乱跳上了机车兽。他一路摸索到动力室，可没有基尔兽在身边，面对复杂的机械结构，他一时竟毫无办法，只能急得团团转。
另一边，李健良和大耳兽、李小春的黑大耳兽也赶到了。他们抬头发现，上空竟然出现了数码区域（dIGItAL ZoNE），而附近的铁路系统也因为它的出现变得混乱不堪。就在这时，山木室长出现在铁路管理中心，有条不紊地指挥着处理这突发状况。
留姬和妖狐兽也没闲着，两人默契配合，顺着车厢缝隙爬上了机车兽，目标明确——动力室，一定要把它弄停。可机车兽的能量实在太强了，动力室里温度高得吓人，连泼进去的水都瞬间被蒸发，根本起不到任何作用。
“让开！”一个桀骜的声音传来，是别西卜兽。他骑着摩托车赶来帮忙，本想秀一把操作，没想到机车兽一个甩尾，直接把他的摩托车撞烂了。别西卜兽无奈，只能暂时败退。
博和的守卫兽、健太的海天使兽还有刚缓过劲来的基尔兽，终于和李健良汇合了。“我们用守卫兽推动旁边那个小火车头，说不定能追上机车兽！”健太提议。可就在准备行动时，博和突然发现不对劲：“健良，你带的怎么是黑大耳兽？大耳兽呢？”大家这才注意到，李健良身边的竟然是小春的黑大耳兽，而大耳兽正安安稳稳地待在车站，陪着李小春呢。一番手忙脚乱的交换后，健良带着自己的大耳兽，和博和他们一起，靠着守卫兽的蛮力推动小火车头，拼命追赶机车兽。
山木此时拨通了启人的电话：“启人，我会把机车兽引向数码区域，你们快离开！”可电话那头的留姬却倔强地拒绝了，她偏要靠自己的力量让机车兽停下来。独自闯进动力室的她，还没来得及动手，就被一个突然窜出的东西突袭了……
恍惚间，留姬仿佛回到了小时候。她看到小小的自己在荡秋千，而摇秋千的，是她许久未见的爸爸！“爸爸……”她喃喃着，坐回秋千上，望着爸爸熟悉的笑脸，忍不住唱起了小时候常唱的歌，心里满是久违的快乐。可下一秒，爸爸的身影突然消失了。“不要……不要阻碍我……我想唱歌……”留姬的眼神变得迷茫，她突然抄起旁边的巨型扳手，朝着赶来的启人和妖狐兽攻击过去。妖狐兽猝不及防，被打出了窗外，启人则被逼到了车顶边缘，岌岌可危。
就在这千钧一发之际，启人的基尔兽及时登上机车兽，朝着留姬大喊：“留姬！醒醒！”寄生在留姬身上的寄生虫兽终于现形，基尔兽进化成古拉兽，用破岩爪狠狠抓碎了控制留姬的触手。
可麻烦还没结束，机车兽突然一个急转弯，留姬重心不稳，从车顶上掉了下去。“留姬！”启人眼疾手快，拼命抓住了她的手。就在这时，机车兽进化成了大机车兽，体型更加庞大。好在妖狐兽及时冲进机车里，一把将留姬拉了上来。
可刚稳住身形的留姬，又被寄生虫兽抓住了。“留姬！”启人再也按捺不住，与基尔兽合体进化成究极体公爵兽（红莲骑士兽），一剑斩断寄生虫兽的控制，将留姬救回，顺势打倒了那只寄生虫兽。
没想到，那寄生虫兽临死前，竟向数码区域发射了一道光。瞬间，无数只寄生虫兽从数码区域里涌了出来，密密麻麻，看得人头皮发麻。
“李健良，准备进化！”启人大喊。李健良与大耳兽合体进化成究极体撒多格杜兽，使出必杀技「爆裂射击」，枪火器齐发，瞬间击倒一片寄生虫兽。留姬也与妖狐兽合体进化成究极体沙古牙兽，祭出四只管狐，「饭纲」一出，带着“火”“水”“风”“雷”四种属性的管狐朝着寄生虫兽群席卷而去。李阳的基尔兽进化成究极体公爵兽（红莲骑士兽），多路兽进化成究极体阿尔法兽，启人与基尔兽的公爵兽（红莲骑士兽）也再次发力，五只究极体并肩作战。
就在这时，裁决兽也突然出现加入战斗。可寄生虫兽数量实在太多，六只数码兽很快就被缠住，眼看就要支撑不住了……
“绝对不能输！”启人的决心仿佛点亮了希望之光，他的公爵兽开启了真红莲形态。“就是现在！”李阳的公爵兽进化成公爵兽：深红形态，使出必杀技「无敌剑」和「君往何处」；阿尔法兽进化成阿尔法兽王龙剑，挥动究极战刃王龙剑，借助最初获得之力，将所有攻击凝聚在一瞬间。光芒闪过，所有的寄生虫兽都被消灭殆尽。
大机车兽也恢复了正常，顺着数码区域回到了数码世界，数码区域随后也消失了。
晚上的生日派对上，留姬全程面无表情，默默坐在角落。派对进行到一半，她起身走出房间，坐在走廊里，望着天边绚烂的夕阳，不知道在想些什么。
没人注意到，李阳的基尔兽和多路兽，悄悄地跟随着远去的机车兽，独自踏上了前往数码世界的旅程，身影渐渐消失在夜色中。