东京的天气说变就变，前一刻还晴空万里，下一刻已是阴云密布。周长安接到了一通来自安室透的加密通讯，语气是罕见的凝重。
“长安，情况有变。组织内部有消息流出，疑似有‘老鼠’利用一次公开活动进行情报传递或清理门户。地点在群马县深山的一家名为‘黄昏之馆’的旧旅馆。琴酒可能会派人介入，朗姆也下达了监控指令。”
几乎同时，周长安的“茅台”手机也收到了来自琴酒的简短命令：「监视波本在‘黄昏之馆’的行动，如有异动，随时报告。——Gin」
而诸葛故里（五粮液）则收到了朗姆的指令：「前往‘黄昏之馆’，评估波本与茅台的表现，确认是否存在不稳定因素。——Rum」
三方指令，目标都指向了那座深山中的旅馆。周长安立刻意识到，这绝非巧合，而是一场精心设计的棋局，很可能就是原着中那场充斥着诡异与猜疑的《幽灵旅馆的推理对决》。
“小哀，”周长安找到灰原哀，“我需要出一趟门，去群马县的一家旅馆。可能会遇到组织的人，你……”
“带上我。”灰原哀打断她，冰蓝色的眸子异常坚定，“我对组织的气息敏感，或许能帮上忙。而且……那里可能也有Aptx的线索。”她指的是一些服用Aptx-4869后“确认死亡”但尸体未曾找到的名单上的人物，可能会出现在这类事件中。
周长安看着她，知道无法拒绝，点了点头：“好，但一切听我指挥，绝对不能暴露。”
另一边，毛利小五郎也收到了一份奇怪的委托信和丰厚定金，邀请他前往“黄昏之馆”解决一些“灵异事件”。自然，毛利兰和柯南也会同行。世良真纯不知从何处得知消息，以“想见识一下名侦探推理”为由，硬是加入了队伍。铃木园子听说后，也兴奋地要求同去“冒险”。
于是，一支成分复杂的队伍，在暴风雨即将来临的傍晚，分别驾车驶向了群马县深山的“黄昏之馆”。
周长安开车载着灰原哀，副驾驶坐着诸葛故里。车内气氛有些沉闷。
“看来这次是三方博弈。”诸葛故里看着窗外越来越密的雨丝，低声道，“琴酒怀疑波本，朗姆怀疑我和你，而我们……要在他们眼皮底下，弄清楚真相，并保护好该保护的人。”
“波本（安室透）知道我们的身份，但他现在自身难保，需要我们的掩护。”周长安冷静分析，“关键在于，那个所谓的‘幽灵’和连环杀人，究竟是组织清理门户的幌子，还是另有隐情？我们必须抢在琴酒之前掌握主动。”
灰原哀靠在窗边，轻轻嗅了嗅空气：“雨水的气息里……有血的味道。那座旅馆，很不祥。”
当两辆车（周长安一行和毛利小五郎一行）先后抵达“黄昏之馆”时，暴雨已然倾盆而下。古老的西洋式旅馆在闪电中若隐若现，如同蛰伏的巨兽。旅馆门口已经停了几辆车，显然还有其他被“召集”而来的人。
走进旅馆，气氛压抑。前台接待他们的是旅馆的老板，一个面色苍白、眼神闪烁的中年男人。 already在旅馆内的，还有几位神色各异的客人：一位身材健硕、眼神凶悍的男人（前囚犯？），一对看似恩爱但举止有些僵硬的新婚夫妇，一位浓妆艳抹、神色傲慢的过气女明星，以及一位独自坐在角落、戴着帽子看不清脸的男人。
周长安的目光扫过众人，风后奇门的感知悄然蔓延。她能感觉到，在场的人中，至少有三人身上带着极其淡薄但无法完全掩盖的……组织底层成员特有的冰冷气息。而那个戴帽子的男人，气息最为隐晦，但也最为危险。
安室透（波本）以服务生的身份出现在旅馆内，看到周长安和诸葛故里时，他眼中闪过一丝不易察觉的惊讶，随即恢复了职业性的微笑，但眼神交流中已传递出警惕的信号。
世良真纯则好奇地打量着旅馆的一切，尤其是对周长安和诸葛故里多看了几眼，似乎对这两位“明星”出现在这种地方很感兴趣。
柯南更是如同进入了戒备状态的小兽，眼镜片后的眼神锐利地扫视着每一个人，显然也察觉到了此地的非同寻常。
暴风雨隔绝了外界，诡异的氛围在旅馆内弥漫。所有人都心知肚明，这场“推理对决”尚未开始，死亡的阴影已然笼罩。而周长安和她的伙伴们，必须在这幽灵旅馆的迷宫中，同时扮演好自己多重的角色，在组织的注视下，揭开真相，并活下去。