长江的波涛，挡不住历史的洪流。
在李定国雷霆万钧的军事打击和沈炼无孔不入的政治攻势下，南明小朝廷的抵抗意志如同烈日下的冰雪，迅速消融。北地新军尚未正式渡江，南京城内已是人心惶惶，暗流涌动。
以钱谦益、王铎为首的东林党残余，以及以马士英、阮大铖为首的阉党余孽，仍在为权力和如何应对北军而争吵不休。弘光帝朱由崧则终日沉溺酒色，掩耳盗铃。唯有史可法等少数忠贞之士，在绝望中试图组织防线，但已是独木难支。
而陈远，并没有给对手太多喘息的时间。在“听风司”的策应下，北地海军陆战队一支精锐，趁夜奇袭并控制了长江江防重地瓜洲渡口，建立了稳固的桥头堡。随后，主力大军乘坐数百艘大小船只，在强大炮火的掩护下，浩浩荡荡，横渡长江天堑！
南京城头，象征大明王朝的龙旗，在呼啸的北风中，颓然坠落。
弘光帝朱由崧在太监的护卫下仓皇出逃，不久于芜湖被俘。钱谦益、王铎等文臣领袖，在城破之时，于府邸门前跪迎王师，献上了“劝进表”。马士英、阮大铖等则在乱军中被杀。
唯有史可法，在城破之际，于南京皇城大殿之前，面向北方（北京方向），整肃衣冠，叩拜之后，引刀自刎，以死殉国，为大明朝奏响了最后一曲悲壮的挽歌。
南京的陷落，标志着南明弘光政权的覆灭，也象征着大明王朝法统的终结。
消息传至北京，已然是崇祯十八年的初春（历史上为崇祯十七年，小说为艺术效果延后）。此时的北京城，早已不是帝国的中枢，而是一座被恐惧和绝望笼罩的孤岛。
去罗冬季的酷寒和持续的战乱，使得京畿地区饿殍遍野，甚至出现了“人相食”的惨剧。城内，瘟疫（鼠疫）开始流行，官兵士气低落，百姓怨声载道。
紫禁城内，更是愁云惨淡。崇祯皇帝朱由检，独自坐在冰冷的乾清宫龙椅上，形销骨立，眼神空洞。他已然得知了南京陷落、弘光被俘的消息。周延儒在前不久，因“误国”之罪，被他下旨赐死（实为推卸责任的替罪羊）。如今，他真正成了孤家寡人。
殿外，隐约传来嘈杂之声，那是饥饿的士兵和百姓在鼓噪。
殿内，只有王承恩等寥寥几个太监，垂首侍立，如同泥雕木塑。
“完了……一切都完了……”崇祯喃喃自语，声音沙哑得如同破旧的风箱，“祖宗二百七十年的基业……毁于朕手……朕……是朱家的罪人……是华夏的罪人……”
他想起了登基之初的雄心壮志，想起了与魏忠贤斗智斗勇，想起了袁崇焕，想起了杨嗣昌，想起了陈远……一幅幅画面在脑海中闪过，最终化为无尽的悔恨与绝望。
他知道，李定国率领的北地大军，正日夜兼程，向北京扑来。关外的多尔衮在得到他“借兵”的请求后，虽然蠢蠢欲动，但慑于北地新军的强悍，迟迟不敢真正大规模入关。他，已经没有任何指望了。
“陛下……保重龙体啊……”王承恩跪倒在地，老泪纵横。
崇祯缓缓站起身，走到殿外，看着灰蒙蒙的天空，发出一声凄厉如夜枭的长叹：“诸臣误我！诸臣误我啊！然朕……朕非亡国之君，臣皆亡国之臣！”
他回到殿内，留下了一份字迹潦草的罪己诏，痛陈己过，并将一切归咎于“文臣皆可杀”。随后，他驱散了后妃（命其自尽），亲手砍杀了年仅数岁的昭仁公主，又在王承恩的陪同下，跌跌撞撞地走上了紫禁城后的万岁山（景山）。
站在那棵歪脖子老槐树下，回首望去，巍峨的紫禁城在暮色中一片死寂。
“大明……亡了……”
一声绝望的叹息之后，一条白绫，结束了这位在位十七年、一生都在挣扎与猜忌中度过的大明最后一位皇帝的生命。
崇祯自缢，大明覆灭！
当李定国先锋骑兵兵不血刃进入北京城时，看到的是满目疮痍和一片混乱。他们迅速控制了九门和皇城，扑灭了部分宫内的火势，并找到了崇祯及其后妃、女儿的遗体。
消息以八百里加急的速度，传回了已进驻南京的陈远手中。
看着战报上“崇祯自缢，北京光复”的字样，陈远沉默了许久。心中并无多少复仇的快意，反而有一种历史的沉重感。
一个旧时代，以一种极其惨烈的方式，落幕了。
“传令李定国，以王礼妥善安葬崇祯帝后。善待朱明宗室，不得滥杀。稳定北京秩序，安抚百姓。”
“同时，通告天下：明朝已亡！新的时代，来临了！”
鼎定中原，紫禁悲歌。旧王朝的棺材板，被彻底钉上。而陈远，这个来自未来的灵魂，将亲手为华夏，开启一页全新的篇章。