解决这两个难题的办法是刘嘉然提供的，她利用龙文明的化形法以【神木变化道】制造世界树种子。
这种形状为圆球型，直径为三米的种子，在从星舰上释放之后，会因为星球的引力坠向地面。
种子足够轻，即便直接落下也不会砸坏。而在接触水，无论淡水还是海水之后，这颗所谓的世界树种子会生根发芽。
这个速度是很快的，是非常惊人的，因为世界树获取能量的过程并非只有光合作用一种。
首先，在种子落在海中时，种子的根须会扎根靠近陆地的海底，甚至会捕食海中动物。而落在陆地上那就没什么好说的了，地下水和周围的植物都有水分。
通过初步的生长扎根大地后，世界树的生长会加快速度，什么风能转电转化学，什么重元素采集裂变反应堆，什么轻元素收集轻核聚变。
总而言之，在种子从星舰上落下的那一刻，那颗星球的命运就决定了。
当然，这种全球自动铺开的世界树农业基地虽然霸道，但因为前期过于脆弱的原因，是不允许直接对绿胞意志文明之外的文明星球投放的。
人员补充方面，人类帝国的先军主义取消了。
而先军主义，指的是一切优先为军队的需求进行服务，这种服务很像百花二十世纪的一个国家——雪花联盟国。
因为一切资源先服务于军队，因此帝国的人民其生活水平会非常低。在长期的斗争中，人民的精神会因此高度紧张，结果是本质上为亚空间四神提供了营养。
因此，取消先军主义，分配一部分资源到人民的生活水平上，提供生活水平的提升能够产生前进的感觉，这种感觉以及物质带来的增加，会大幅度减少四神的生存空间。
人类帝国四神的存在严重影响到了亚空间四神的利益，祂们八位之间不是没有进行过战斗，但结果是，亚空间四神的力量并不占优势。
四大异族在人类帝国的攻伐下开始变得越来越少，而战在前线的帝皇，也终于遇到了他想要遇到的人，背叛他的基因原体们。
星际战士是有寿命极限的，但在混沌化后，寿命的限制取消了。
尽管如此，在高烈度的战争下，原先背叛的儿子们基本上已经死了。现如今存在的混沌战士，他们是银河系一些小的类人文明筛选出来的，已经和人类没有了香火情。
作为能够持续生产基因原种的母体，混沌原体一直被保护的很好。但因为人类帝国接连不断的胜利，混沌方空间被压缩，后方生产混沌战士的地方，就难免成为前线。
帝皇见到了前【轮回舞者】军团的统帅，基因原体——蒂塔·万缇丝，初见她的时候，她在某颗行星地底的深处，一个岩石风格的洞穴中。洞穴被一种粘液覆盖，而在深处可以看到，蒂塔和一个臃肿的产卵器连接着，外面也覆盖着大量恶心人的粘液。其中，原种正在被不断的生产出来。
打败保护原体的混沌战士，帝皇和脱离产卵器的蒂塔进行战斗。
和机械简约风的星际战士不一样，和华丽黄金风的帝皇也不一样，蒂塔的外甲由血肉和几丁质组成，有一种邪恶的美感。
蒂塔的灵能力是生物系的，可以通过吸收碳基生命可以吸收的元素，进行快速恢复治疗。这种能力在面对以碳基生命体为基础的战争上可以说是无往不利，但面对帝皇，蒂塔很快落败了。
“伪帝！你是想要嘲笑我吗？”看着居高临下看着他的帝皇，失去战斗力躺在地上的蒂塔气若游丝道。
帝皇没有说话，而是神色凝重的摇了摇头，他问道：“为什么称呼我为伪帝？我很想知道那四个家伙说了我什么坏话……”
蒂塔没有说话，只是闭上了眼睛，微弱的呼吸证明，蒂塔还活着，只是活不久了。
帝皇蹲了下来，他公主抱的抱起了蒂塔，这个行为让蒂塔陷入了大慌张。
“你！你在干什么？”
“为你治疗。”
“……为什么？”
“之前的事情是我错了，所以我来了，我要带你回家。”帝皇的声音非常坚定，有一种不容置疑的意思。
“我还可以回去吗？”蒂塔回想起了这一万四千多年来的战斗，即便最初的时刻，她的背叛源于误会，但现在，她也已经回不了头了。
先前，她骂帝皇伪帝，本质上有激怒求死的意思。
“人，总是会犯错误的，特别是年轻人。但行将就错，能悬崖勒马就还有机会。”
“我满手血腥，已经没有机会了。”
“有的，只要你能相信我，就一定有的！”
听着帝皇坚毅的的声音，蒂塔有些动摇，但也就在一瞬间，亚空间四神的意志通过蒂塔的身体降临了，祂们想要偷袭帝皇。
只不过，这种情况帝皇早已考虑到了，那些想要入侵的意志被快速弹开了，而蒂塔身体内部的思想，却在帝皇的检阅下，挑出有毛病的逐一击杀。
帝皇这个外门对思想的理解没有亚空间四神这种内门深入，但内门却业余的四神比起观世音这种专业人士，那却差了很多。
借助观世音的指导，许多蒂塔身体内的思维暗器被发现拆除，等到帝皇抱着蒂塔走到该星球的地表的时候，思维查杀已经完成了，他看向天空，星舰释放强引力将帝皇和蒂塔吸了上去。
蒂塔只是十支混沌军团的其中一位基因原体，在后续的战争中，帝皇逐一救下了其他九位原体。这九位中有原体想要自杀，也有积极想回归帝国的。
但她们想要回去，取得人民的谅解是一件非常困难的事情。
不过好在人类帝国是帝国制度，它的权力机构是为上不为下的。因此，在没有见过罪己诏，帝皇自愿下台的帝国子民而言，那十位基因原体被原谅成为了板上钉钉的事情，怨气消散了。
退位后的帝皇重新开始了镇压亚空间的工作，并逐渐消失在了公众视野中。新的皇帝会是刘嘉然，她成为了人类帝国的第二位皇帝、第一位女皇。
在她的带领下，混沌阵营的力量越来越微弱，然后在十个千年之后彻底分出了胜负。
第五十个千年，反攻时代结束。
第六十个千年，人类帝国通过不断考古，完善自身科技树，找到了前文明最顶尖的灵子技术，文明的五维化似乎指日可待了……