月影岛上，情况正如悠真收到的警报一样，急转直下。
在电视台的安排下，毛利小五郎、柯南、小兰、服部平次、远山和叶以及那几位“奇怪的人”（藤原健、岩崎教授、高桥、左藤）作为“先遣队”提前乘船登上了月影岛进行场地熟悉。然而，当他们登岛后不久，海上毫无预兆地升起了浓雾。更令人心悸的是，他们来时乘坐的船，竟然诡异地消失了！仿佛被浓雾吞噬。紧接着，岛上唯一的通讯设备——一部老旧的固定电话，线路也被人为切断。他们彻底被困在了这座与世隔绝的孤岛上。
不安的气氛在临时落脚的岛上老旅馆里弥漫开来。电视台导演助理藤原健显得异常焦躁，不停地抱怨着行程和导演的安排。岩崎教授则把自己关在房间里，声称在研究岛上的独特生态。那对情侣，高桥对佐藤的看管似乎更紧了，佐藤的脸色也更加苍白。
深夜，暴风雨毫无征兆地袭击了小岛。狂风呼啸，暴雨如注，仿佛要将这座孤岛彻底撕碎。
就在这恶劣的天气中，惨剧发生了。藤原健被发现死在了靠近悬崖的一个废弃灯塔下的海蚀洞里。他的胸口插着一把锋利的鱼叉，表情扭曲，充满了惊愕和恐惧。现场被雨水冲刷得厉害，脚印模糊不清。唯一的线索是死者紧握在手中的一枚小小的、形状奇特的贝壳——那是岛上一种稀有贝类的碎片，通常只在特定的潮汐时间才能采集到。
毛利小五郎虽然一开始被吓得够呛，但在镜头（尽管现在无法传输）和平次这个“对手”面前，强打精神开始了调查，但方向一如既往地跑偏，坚称是岛外的不明人物作案。服部平次和柯南则立刻进入了高度专注的状态，开始分头搜集线索。
柯南在现场仔细勘察，发现海蚀洞入口处有不易察觉的拖拽痕迹，指向大海方向；死者身上的鱼叉并非岛上常见的工具，更像是某种特制的潜水装备；那个稀有贝壳碎片上，似乎沾着一点点极细微的、不同于海水的油渍。
“新一…”小兰一直紧紧跟在柯南身边，不是出于害怕，而是出于一种本能的保护。她敏锐地注意到柯南蹲在洞口查看痕迹时，一个身影（岩崎教授）在不远处的礁石后一闪而过，眼神阴鸷。她不动声色地移动身体，用自己挡住了柯南小小的身影，隔绝了那道不善的目光。
当柯南需要去查看高处或危险的地方时，小兰会“恰好”也想去看，然后“顺便”把柯南抱起来或举起来。当柯南需要偷偷采集证据时，小兰会“不经意”地拿起一块布或者撑开伞，巧妙地遮挡住工作人员和其他人可能的视线角度。
“小兰姐姐，你挡到我了啦！”柯南有时会“不满”地抱怨。
“啊，抱歉抱歉柯南，这里风好大。”小兰总是用最自然的笑容回应，眼神里却传递着只有两人懂的讯息：*小心，有人在看。* 或者 *放心，我帮你掩护。*
这种无声的默契和守护，让柯南（新一）心中充满了暖流和力量，也让他的推理更加顺畅。平次也注意到了小兰不同寻常的“关照”，但他只是挑了挑眉，没有点破，专注于自己发现的线索——他在旅馆工具间发现了一套保养良好、但缺少了一个鱼叉头的潜水装备，以及一小瓶特殊的润滑油。
就在柯南和平次紧锣密鼓地调查时，一个如幽灵般的身影——“工藤悠人”已经悄然潜入了月影岛。凭借系统的精准定位和超越常人的身手，他避开了所有人的视线，在狂风暴雨的掩护下，如同融入暗夜的猎豹。
他首先确认了柯南的位置和安全状态，看到小兰如同护崽的母狮般守在柯南身边，心中稍安。接着，他利用系统的环境扫描功能，迅速锁定了几个关键点：被凶手沉入附近浅海、用重物固定住的快艇（解释了船消失的假象）；凶手处理潜水服和凶器的一个隐蔽礁石缝隙；以及…凶手在旅馆配电室做的手脚——他试图在最后关头制造短路引发火灾，毁灭证据并趁乱逃脱！
悠真（悠人）眼神一冷，悄无声息地潜入配电室，利用系统辅助，精准地解除了那个简陋却致命的点火装置，并替换了关键的保险丝。做完这一切，他如同影子般退回到旅馆外的制高点，透过被雨水模糊的窗户，密切注视着里面每个人的动向，尤其是那个被系统标记为“高度危险”的目标——岩崎教授！他手中紧握着一把改装过的强效麻醉枪，随时准备在柯南遭遇生命危险时雷霆出手。
在旅馆昏暗的灯光下，众人被聚集在客厅。气氛压抑得如同凝固的铅块。柯南和平次交换了所有线索，拼图已然完整。
“沉睡的小五郎”再次登场（在柯南的麻醉针和小兰完美的站位掩护下）。随着毛利小五郎低沉而清晰的推理，真相如同剥茧抽丝般展现在众人面前。
凶手正是那位沉默寡言的岩崎教授！他根本不是什么海洋生物学家，而是一个被藤原健多年前坑害导致破产、妻子自杀的复仇者。藤原健利用电视台导演助理的身份，经常接触一些有特殊价值的岛屿开发项目，并从中进行欺诈和掠夺。月影岛就是他的目标之一，而岩崎教授的妻子曾是岛上珍稀贝类的保护者，在抗争藤原健的阴谋时不幸遇难（伪装成意外）。岩崎教授隐忍多年，终于等到了这次“东西侦探对决”的机会。
* **消失的船：** 他利用对潮汐和地形的熟悉，在登岛后，趁人不备将快艇开到一个预先勘察好的浅湾，用重物固定沉入水中。涨潮时海水淹没，退潮时便显露出来。他故意引导大家提前登岛，并算准了浓雾天气，制造了船凭空消失的假象。
* **电话线：** 登岛后他第一时间切断了电话线。
* **杀人手法：** 他利用自己精湛的潜水技术（旅馆工具间的潜水装备是他的），在暴风雨的掩护下，穿着潜水服，携带特制的鱼叉（工具间丢失的鱼叉头），埋伏在藤原健可能经过的海蚀洞附近。他知道藤原健有收集稀有贝类的癖好，故意在洞内显眼处放置了那种稀有贝壳（左藤小姐曾无意中透露过藤原健的这个爱好，被岩崎教授记下）。藤原健果然上当，独自前往。岩崎教授从海中潜行而出，用鱼叉刺死了他。死者手中紧握的贝壳碎片，是他挣扎时从岩崎教授事先准备好的、沾有特殊润滑油的贝壳上掰下来的（润滑油是为了防止贝壳在潮湿环境下留下指纹，也成了线索）。岩崎教授行凶后，利用退潮的海水冲刷掉大部分痕迹，并将潜水装备和凶器藏匿在礁石缝隙中。
* **动机：** 为惨死的妻子复仇。
“岩崎教授！你就是杀害藤原健的凶手！你精心策划这一切，就是为了替你的妻子讨回血债！”毛利小五郎（柯南）的声音掷地有声。