春日部的樱花再次绽放，看似平静的生活下，暗流仍在涌动。某天清晨，城市上空突然出现一道螺旋状的紫色闪电，闪电所过之处，空气扭曲成诡异的漩涡。正在上学路上的孩子们惊恐地发现，眼前的教学楼忽而变成废墟，忽而又恢复原状，时间与空间的秩序在此刻陷入混乱。
小新的动感超人闹钟毫无征兆地发出刺耳的警报，表盘上的指针开始逆向飞转。他还没反应过来，卧室的墙壁就被撕开一道裂缝，另一个“自己”从裂缝中走出——但这个小新穿着破旧的披风，眼神中满是沧桑与疲惫。“小心...他们打开了时空裂隙...”未来小新的声音虚弱而急促，话未说完，就被一股神秘力量拖回裂缝之中。
同一时间，阿呆的实验室里，所有试剂瓶开始悬浮在空中，液体在瓶中形成扭曲的时空纹路。他的胶水探测器疯狂报警，屏幕上显示出一串无法解析的时间代码。小白的毛发根根竖起，它对着虚空狂吠，似乎能看见人类肉眼无法捕捉的时空幽灵。
风间的令牌投影出令人震惊的画面：整个春日部被笼罩在一个巨大的时间沙漏之中，城市的各个角落不断出现时空重叠现象——江户时代的武士与现代汽车擦肩而过，恐龙在街道上横冲直撞，未来的飞行器与老式电车相撞。“这是时空悖论的前兆！”风间的声音带着颤抖，“有人在强行篡改时间线！”
妮妮的布偶们集体陷入疯狂，它们用丝线在墙上编织出复杂的时空图案。最古老的兔子布偶突然开口，声音不再是机械的冰冷，而是充满恐惧：“记忆...正在被改写...我们快不存在了...”林哲的画笔在画纸上不受控制地游走，画出的不再是具象的物体，而是扭曲的时空回廊。
众人在阿呆的实验室紧急集合，却发现实验室的空间也开始不稳定。一面墙壁通向中世纪的城堡，另一面则是未来的星际站。小白嗅出裂缝中残留的气息，与之前“幻梦重构局”的能量截然不同，但又隐隐有着某种联系。“这股味道...像是来自时间的尽头...”小白的声音罕见地充满恐惧。
经过风间的紧急运算，令牌终于解析出部分信息：“幻梦重构局”在失败后，与一个名为“时序仲裁者”的神秘组织达成合作。这个组织掌控着时空之力，他们的目标是抹除所有因想象力产生的“时间异常”，将世界定格在绝对理性的“完美时刻”。而他们开启时空裂隙的地点，正是春日部地下深处的一座古老天文台遗址。
当众人赶到天文台时，遗址已经变成一座巨大的时空要塞。要塞的外墙由闪烁着幽蓝光芒的时间晶体构成，每一块晶体中都封存着某个被抹杀的想象力片段。入口处，两名身披银色斗篷的仲裁者手持刻满时间符文的长矛，拦住了他们的去路。“无序的想象力，只会让时间线陷入混乱。”仲裁者的声音仿佛来自不同时空的重叠，“现在，该清理这些‘错误’了。”
战斗甫一爆发，众人就陷入绝境。仲裁者的攻击带着时间法则的力量——他们挥动长矛，就能让对手的动作变得迟缓，或是让攻击倒退到发动前的状态。小新发射的动感光波在接近敌人时，突然逆向飞回；林哲画出的武器，还未触及对手就被抹去存在。更可怕的是，随着战斗的持续，众人发现自己的记忆正在被篡改——阿呆开始忘记如何调配试剂，妮妮记不起布偶们的名字，风间甚至无法解读令牌上的数据。
“不能让他们得逞！”小白咬向自己的爪子，鲜血滴落的瞬间，它强行唤醒了伙伴们的记忆，“我们一起经历的冒险，一起守护的笑容，这些都是真实的！”小新握紧拳头，回想起与未来自己相遇的场景，突然意识到：“他们想要抹去的，不是想象力本身，而是想象力带来的‘可能性’！因为每一个想象，都会创造出新的时间分支！”
众人恍然大悟，开始寻找对抗时间法则的方法。阿呆将孩子们画作中蕴含的“可能性”提取出来，制成“概率试剂”；林哲画出充满无限可能的混沌之域，用来扰乱仲裁者的时间操控；风间则利用令牌，在时空要塞中寻找能够改变时间流向的“时间锚点”。妮妮指挥布偶们进入时空裂隙，收集被抹除的想象力碎片，小白则在战场上不断穿梭，用嗅觉锁定敌人的弱点。
在激烈的战斗中，众人发现时空要塞的核心处，有一个正在运转的“时序齿轮”。齿轮上刻满了从古至今所有被禁止的想象，每转动一圈，就会有一条时间线被彻底抹去。小新等人拼尽全力突破仲裁者的防线，冲向时序齿轮。但就在他们即将触碰齿轮的瞬间，整个空间开始剧烈震荡，无数个平行时空的画面在他们眼前闪现——有些时空里，他们早已失败，春日部沦为机械废墟；有些时空里，想象力战胜一切，世界充满奇迹。
“我们不能被这些可能性困住！”风间大喊，“只有现在，才是真实的！”众人将所有力量注入“概率试剂”，林哲画出的混沌之域与时间法则激烈碰撞，妮妮收集的想象力碎片化作金色洪流，小白精准地咬住时序齿轮的关键部位。在震耳欲聋的轰鸣声中，时序齿轮开始逆向转动，被抹去的时间线逐渐恢复，被篡改的记忆重新清晰。
两名仲裁者在时间逆流中发出惊恐的尖叫，他们的身体开始变得透明：“不可能...时间...不应该被逆转...”随着他们的消散，时空要塞轰然崩塌。春日部的时空裂隙开始愈合，城市逐渐恢复正常。但在时空的某个角落，一个更庞大的身影正在注视着这一切，他的手中握着一本记录着所有“时间错误”的黑色法典......
当阳光重新洒满春日部，孩子们欢快地在街道上奔跑，用画笔描绘着重生的城市。小新等人站在樱花树下，望着天空中残留的时间波纹，深知这场关于想象力与时间的战争远未结束。但只要他们彼此信任，只要孩子们的想象力还在，无论面对怎样的时空悖论，他们都将义无反顾地守护这份珍贵的力量，迎接下一次未知的挑战。