最终，经过深思熟虑之后，朱由校决定采纳孙元化所提出的建议。他果断地从山东省的新军中精心挑选出三万最为精锐的士兵。与此同时，还积极地从京城周边众多的煤矿、水泥厂以及其他各类矿厂当中广泛招募了两万名年龄适宜且身强力壮的青年男子。如此一来，一支规模宏大的军事力量得以迅速组建而成，番号定为九十六至一百师。
原本已经做好准备前往上议院安享晚年生活的孙承宗，面对朱由校一次又一次诚恳的挽留，内心深处那份对国家的责任感终究还是占据了上风。尽管有些许犹豫，但他最终还是拗不过朱由校的坚持，接受了兵部尚书这个重要职位。自此以后，孙承宗全身心投入到工作之中，竭尽全力为朱由校那雄心勃勃的移民全球的宏伟计划贡献着自己的智慧和力量。
就在此时，大明皇家银行行长茅元仪也作出了一个重大的决策。他将离开亲手打造的皇家银行，将肩上担负的重任正式移交给了得力的副手，然后自己则履新户部尚书职位。这番变化，无疑表明了，朱由校对他这几年工作的肯定，并希望他能在更高的岗位上为大明的财政事业做出更大的贡献。
一直担任驻琉球大使职务的孙传庭接到朝廷诏令后火速返回京城，并随即走马上任兵部右侍郎一职。而素有威名的卢象升同样受到重用，被调入军机处听命差遣。与他们一同履新的还有另外三位宗藩，这些人分别顺利接任了驻琉球大使、副使以及三军总都督等要职。
至于六部之首——吏部尚书这一关键职位，朱由校的选择却出乎众人意料之外。他竟然将其托付给了杨涟这位历经延安岁月以及普查小组多年磨砺锻炼的官员。曾经的杨涟或许只是东林党内以能言善辩着称的“嘴炮”人物，但经过这几年风风雨雨的洗礼和锤炼，如今的他已然脱胎换骨，成长为一名具备卓越才能和坚定意志的实干家。
朱由校深知一个国家的繁荣昌盛离不开直言进谏、刚正不阿的大臣。他由衷地希望能有更多如此耿直之士踏入朝堂，因为身为一国之君，即便贵为天子，有时亦难免会在决策或行事上出现偏差甚至失控的时候。此时，便迫切需要那些敢于挺身而出的忠臣良将，能够毫不畏惧地拉住缰绳，及时纠正自己可能犯下的错误。
伴随着新内阁的上台，一大批德高望重的老臣们选择了急流勇退，他们得到了朝廷的褒奖和赏赐。这些老臣们一生兢兢业业为国家效力，如今终于可以功成身退，怀揣着丰厚的退休金衣锦还乡，安享晚年。与此同时，一批充满朝气与才华的年轻才俊如雨后春笋般涌现，他们迅速填补了因老臣离去而产生的各个关键职位的空缺，为朝廷和地方注入了源源不断的活力与创新精神。
然而，就在京城教案持续升温、不断蔓延之际，这场风波犹如一场汹涌澎湃的洪水席卷全国。各地因涉及此案而遭拘捕的官员和士绅及其家属数量竟然高达十余万之众！随着时间的推移，进入崭新的一年后，徐光启以及朝中众多位高权重的大臣们再也坐不住了。他们联合起来，一同前往皇宫求见皇帝，并言辞恳切地恳请皇上即刻终止这一近乎疯狂的举动。毕竟，已有太多无辜之人为此付出了沉重代价，即便是继续下去，已经逝去的皇嗣也不可能重生。倘若再不收手，恐怕整个朝廷将会面临无官可用的尴尬局面。
朱由校独自坐在龙椅之上，默默地倾听着群臣们的劝谏。他眉头紧锁，陷入了长久的沉思之中。一方面，他要顾及到新任首辅的颜面，不能轻易驳了其好意；另一方面，他心里也十分清楚，如果继续这般大规模清洗官员，那么朝廷的正常运转必将遭受严重影响，届时国家政务势必会陷入混乱不堪的境地。经过一番深思熟虑之后，朱由校缓缓抬起头来，目光坚定地看向眼前的一众大臣，最终还是点了点头，表示同意他们的请求。
据吏部详实的记载显示，在天启五年之前，拥有品级的文武官员人数竟然超过了八万之多！然而，令人震惊的是，仅仅过了不到一年的时间，也就是到天启六年年初的时候，这个数字骤减至仅有六万人。也就是说，在如此短暂的时期内，人为地将有品级的官员数量减少了整整四分之一还多。
面对这样显着的变化，皇帝朱由校已然感到十分满意。恰好在此时，徐光启登上了政治舞台。朱由校巧妙地抓住这个时机，顺势而为，为徐光启营造出一种声势浩大的氛围。正因如此，当老徐甫一上任，便立刻赢得了满朝文武百官们的高度敬重和广泛认可。
回顾过去的一年，天启五年可谓是充满了动荡不安。不仅如此，农业税率也经历了一番重大的调整。但令人欣慰的是，朝廷的财政收支状况最终竟然实现了平衡。虽然没有出现明显的盈余，但能够保持收支相抵已实属不易。
更为可喜的是，在这一年里，海关关税以及商业税均呈现出翻倍增长的良好态势。这无疑表明着国家正逐渐走上一条正确且繁荣昌盛的发展道路。
然而，与此同时，一个不容忽视的问题也浮现出来——由于牵涉到了教案，明国境内的传教士几乎被一扫而空，欧罗巴与大明之间的关系陡然变的非常紧张，致使下半年市舶司往来的船只构成发生了巨大的改变。曾经频繁穿梭于此的那些来自欧罗巴地区的庞大船队如今已变得寥寥无几，取而代之的则是以明国、日本、朝鲜、琉球等周边国家为主导的船队。这种局势的突变，令朱由校不得不对此予以高度关注并慎重对待。
好在，朝廷近几年强力推行了龙币，以此来逐步替代白银、铜钱的流通性。短期来看，通货膨胀的情况暂时是不会出现了，但不可避免的，产能过剩问题就会凸显出来。长期来看，国家的经济肯定会出现问题。
所以，明朝需要一个更大的市场来倾销过剩的产能。这个时候，朱由校的目光被吸引到了日本与朝鲜。