军事部设立的意义在于匆行政上把常备军的地位进一步压低，更好制衡军队。这是成熟国家都致力的一项举措，毕竟军队是充满破坏力的力量，对内对外都是如此。
除了军事部，其他九个部门大多也是新设立。
财务部主要负责全国资源的收支与调配，部长为一只负责管理仓库的神工蚁“小绳”。
蚂蚁是个集体社会，任何工蚁收集到的物资都主动上交仓库，任何开支也都自行从仓库领取，这些仓库是公库，但还没有达到国库的程度。
神使王军团之前的国库管理也是这样，管理模式很粗放，主角只能大致掌握主巢里一种物资的储量，对其他副巢的物资管理则非常粗放。目前只有蜜露和鸦蜜算是管理有序，毕竟这两样的出口是神使王军团的重要财源。
这一次，他专门组建财政部，统筹管理国库和各地库房。
财政部下辖库管处、收支处、资料处、调配处等部门。
库管处负责物资的收储管理，绝大部分物资都由财政部管理，只在主巢和各个副巢留下一个小仓库，储备蚂蚁们的日用物资，如粮食等，每周从财政部仓库调配补充一次，以免蚂蚁们每日分散领取食物造成巨大的登记压力。
收支处管理库房物资的收支与登记，以后凡是归属国库的物资，都需要记录开支数据，数据移交资料处留存。不同于以往蚂蚁们完全靠记忆的登记方法，主角这次还要教会蚂蚁们用炭笔在纸上记录，为此财政部的蚂蚁们需要学会简单的写字！
调配处负责国库与各副巢公库之间的物资调配计划的制定，具体运输任务则交给交通部。
蚁口部也是新组建的，负责管理全国蚁口，这是其他蚂蚁文明都没有的一个机构，其下辖计划处、育幼处、蚁后处等部门。
蚁口部部长为雄蚁“蜈蟒”，主角已经安排他从军中退役来任职，蜈蟒自己不大情愿，不过主角是考虑到他以前和蜓鹰的关系以及近期的言行，深思熟虑做的决定，不由他拒绝。
蚁口部虽然重要，但是并不算要害部门，正好安置资料很老又让主角有些操心的蜈蟒。
好在蜈蟒听说部长的行政级别比军团长还高一级后，没有再抱怨，乖乖上任了。
目前，其他所有的蚂蚁种族的蚁口都是无规划，存粮多就多生一些蚁卵，粮食少就少生或者不生，夏天多生，冬天少生。很多蚁族就连自己国家又多少蚁口都只是知道一个大概，误差往往多达几十万！
这一次，主角决定把蚁口也纳入行政管理之中。
蚁口部下辖的计划处负责根据需要制定下辖各蚁族的蚁口生育计划。
育幼处负责所有蚁族蚁卵、幼蚁和蚁蛹的照顾，相关场地及育幼蚁均由该处管理。
蚁后处负责所有蚁族蚁后的物资供应、起居照顾和护卫。这也相当于变相从各蚁族手里夺取了蚁后的控制权，控制了蚁后，就等于控制了这个蚁族的未来，这些蚁族将再也无力脱离神使王军团！
农业部负责全国的粮食及农作物生产事宜，根据粮食生产的方式和种类来划分下辖部门，包括种植处、养殖处、采集狩猎处、蜜露鸦蜜处、加工处，部长是一只切叶蚁雌蚁“百草”。
其中蜜露鸦蜜产业对于神使王军团而言非常重要，因此单独列为一个处。
加工处负责食物的再加工，比如发酵、浓缩、稀释、精炼等，有下属的工坊和工匠蚂蚁。
此外，军用苍蝇、甲虫的驯养叫军事部管理，农业部不管。一些非粮食类物资的采集，如植物纤维的采集，由工业部管理，农业部也不管。
工业部管理全国的高炉、作坊，下辖金属工业处、非金属工业处、原材料处等。
如今神使王军团相比其他蚁族有着更加强大的工业制造能力，能够生产铁制品等“高科技”产品，主角决定把工业的地位放到更高层面，因此组建了工业部。
第一任工业部部长是原先管理炼铁高炉的一只大头蚁神工蚁，名为“小石”。
金属工业处管理炼铁高炉等工坊，根据上级命令制定生产计划。
非金属工业处负责管理生产石器、陶器、绳索、木器等的作坊。
原材料处负责所有工坊所需原材料的收集，有一支庞大的工蚁队伍，不像以前那样，和农业部的外出采集食物的蚂蚁是混为一谈的。
科研部由“小秘二世”领衔，由原科研组改组而成，原先的几个科研小组根据研究方向被改组为下属部门，包括：农业科技处、工业科技、军事科技处、其他科技处。又新组建了后勤保障处、安保处作为行政处室。
主角对科研工作非常看重，为此给科技部专门配备了安保力量。
工程部主要负责国境内重要工程的施工，目前的大运河工程及其施工队就移交给了工程部。
工程部部长是一只铺道蚁雄蚁“浮叶二世”，部里下辖规划处、施工处等机构。
交通部负则大宗物资的巢穴间运输，目前的部分甲虫运输队全部划归交通部管理，不过他们只负责非军事运输。
交通部下辖计划处、运输处、驭兽处等，部长是举腹蚁雄蚁“老心”。
外交贸易部负责与其他文明蚁族的外交和贸易事宜，下辖外交处和贸易处，部长是经常执行外交任务的神工蚁“小花”。
教育部负责雄蚁、神兵蚁的军事教育，神工蚁、大工蚁的职业教育等，为军事部、财政部、科技部、农业部和工业部培养专门的蚁才，也负责雄蚁等的常规教育。
教育部下辖军事教育处、职业教育处、普通教育处，教师多是从相关岗位上退休的有经验的蚂蚁，部长为大头蚁雄蚁“甲牛”。
各地副巢的日常行政工作由当地的雄蚁、蚁后、雌蚁、大工蚁、神工蚁、神兵蚁组成副巢会议管理，同时接受本蚁族以及十部的垂直管理。