高宗皇帝闻言皱眉道：“人主亲札，非所以取信，其取信于天下者，以有御宝。今朕退处别宫，不与国事，用何符玺以为信？自古废君杜门省愆，岂敢过问军事？”苗傅等人跪于其面前，泣告再请。
无奈之下，高宗皇帝只得亲书手诏于韩世忠道：“知卿已到秀州，远来不易。朕居此极安宁。苗傅、刘正彦本为宗社，始终可嘉。卿宜知此意，遍谕诸将，务为协和以安国家。”
苗傅等人执书告退，出宫之后苗傅以手加额道：“乃知圣天子度量如此！”于是立即遣杭州兵马钤辖张永载持手诏到韩世忠军中。
韩世忠观手诏后良久方言道：“主上即复位，事乃可缓。不然，吾以死决之。”张永载将其言语回报，苗、刘二将听后面如土色，只得派兵前去抵抗。
吕颐浩、张浚军先后到达余杭县临平镇，以韩世忠为先锋。苗傅使其弟苗翊、大将马柔吉负山阻河为阵，中流植鹿角以阻行舟。韩世忠兵船难行，只得弃舟登岸来战。随后张俊、刘光世大军也都来到，与苗翊兵马厮杀。
韩世忠奋勇争先，率麾下将士死战，其时道路泥泞，不能骑马，韩世忠便舍马步战，举枪怒喝道：“今日当以死报国，面不中数箭者皆斩！”见到主将奋不顾身，其余将士尽皆用命。苗翊等人列神臂弩持满以待，韩世忠嗔目大呼，率部挺枪直冲敌阵，苗翊所部人马被其胆气所摄，未及放箭，阵型已乱，于是大败而逃。
此时杭州城中，朱胜非等对太后言道：“臣等召苗傅、刘正彦等到都堂，谕以今国家多事，干戈未弭，当急防秋之计，使睿圣皇帝直还尊位、总万机，苗傅等定会听从。”
太后点头下诏曰：“甚契吾心，可依所请。”朱胜非于是率百官上第一表，请高宗皇帝还宫，被其婉拒。
随后太后诏谕高宗皇帝入宫相见道：“今日朔日，宜入见禁中。”
高宗皇帝回道：“臣疾作，已奉表起居，容臣望日趋诣。”
太后无奈，又下诏道：“嗣君冲幼，强敌未宁，事尤急于防秋，理难安于垂箔。臣僚恳请，不可重违，宜复御朝，以安中外。
百官再次上奏请求复辟，高宗皇帝答道：“太后垂帘，当共图国事；不然，不敢独当。”太后诏谕许之。
百官三表奉请，高宗皇帝始出睿圣宫，百宫于宫外跪迎。高宗皇帝来至殿外，犹豫再三，仍未肯进。朱胜非再请，于西廊外把笏板插在腰间，亲自搀扶高宗皇帝上马回宫，杭州百姓夹道焚香，众情大悦。
高宗皇帝回宫后与太后同御前殿，太后垂帘。高宗下诏道：“朕顾德弗类，遭时多艰，永惟责躬避位之因，专为讲好息民之计。今露章狎至，复辟为期，朕惟东朝有垂帘保佑之劳，元子有践阼纂承之托，太后宜上尊号曰隆佑皇太后，嗣君宜立为皇太子。所有三月六日赦书应干恩赏等事，令有司疾速施行。”并下诏尊太后为隆佑皇太后，立嗣君为皇太子。又下诏任苗傅为淮西制置使，刘正彦副之。复年号为建炎。
苗、刘二将知各路勤王兵马已入北关，恐被秋后算账，便面见高宗皇帝，逼其设盟誓两不相害，又请赐二人免死铁券及金银劳遣。高宗皇帝依二人之言，于是二人引精兵二千，与部将十数人夜开涌金门而去。
韩世忠、张俊、刘光世率兵入城，行至宫门。韩世忠欲入，其部将张介道：“不可，虽闻二贼已去，尚未可知。”
此时高宗皇帝闻得诸将入城，心中欢喜，步行至宫门迎接。方一见面，便执韩世忠之手恸哭道：“苗、刘二贼虽逃，中军吴湛佐逆为最，尚留肘腋，能先诛乎？工部王世修也与贼通。”
韩世忠道：“叛臣皆可诛！”于是便召吴湛前来，面带笑容，上前一把拉住吴湛之手，吴湛不知何意，也只得带笑相握。
谁知两手才握，韩世忠便双眉倒竖，怒喝道：“苗、刘二贼与汝何等好处？竟敢不顾国法，与其狼狈为奸？”
吴湛闻言大惊失色，急忙甩手想要逃脱，但韩世忠力大，紧握其手不放。吴湛虽百般挣扎，却是脱之不出。
此时韩世忠手上加力，只听一声脆响，吴湛中指已断，其疼痛难忍，缩作一团。门下禁卫见状将韩世忠团团围住，其凛然不惧，按剑叱之，众禁卫无敢动者。韩世忠随即下令，将吴湛与工部侍郎王世修于当街斩首，号令于宫门外。
随后吕颐浩、张浚大军也已入城，自此苗刘兵变平息，高宗皇帝终于放下心来，回想这些时候自己每日如坐针毡，生怕某日便人头落地之心情，不禁心中后怕。心中暗下决心，定不可使外将独专其军，须有心腹精锐时刻拱卫禁宫。
待得心绪稍宁，高宗皇帝诏谕封赏，追赠王渊开府仪同三司。因功封韩世忠武胜军节度使、御前左军都统制。刘光世以功升太尉、御营副使。又拜张俊镇西军节度使、御前右军都统制。
随后张浚进言道：“逆臣苗傅、刘正彦引兵遁走，请行下诸州，生擒傅、正彦者，白身除观察使，不愿就者赏钱十万缗，斩首者依此。搏获王钧甫、马柔吉、张逵、苗瑀、苗翊，并转七官。其馀官兵、将校，并与放罪，一切不问。仍降黄榜晓谕。”高宗皇帝从之。
韩世忠请战道：“苗刘二贼拥精兵，距瓯、闽甚近，傥成巢窟，卒未可灭，臣请讨之。”高宗皇帝点头许之。
临别之时，韩世忠问道：“臣当扑灭二贼，未审圣意欲生得之，或函首以献？”高宗皇帝咬牙切齿道：“杀之足矣。”
韩世忠说道：“臣誓生致之，显戮都市，以刷宗社之耻。”高宗皇帝壮之，酌巨能以饯世忠。
于是，高宗皇帝命韩世忠起兵追击苗、刘二人，下得朝堂，朱胜非又嘱咐韩世忠道“请太尉速追讨，毋令其过江。”韩世忠点头称是，而后率兵出城而去。
此时苗傅、刘正彦出杭州向南进犯富阳县，统制官乔仲福沿途追击，二人兵败而退。随后又犯严州桐庐县，至白沙渡，过桥之后焚桥以阻官军。之后再犯寿昌县，黥民充军。攻到衢州时，被守臣胡唐老击退。
无奈之下苗刘二人转道进犯常山县，又至信州境内，攻破玉山县，屯兵沙溪镇，欲攻信州府。
统制巨师古自江东来，与乔仲福、王德会信州，欲并力攻苗刘大军。二人闻之，知官军在彼，便屯兵于衢、信二州之间。
此时的苗傅与刘正彦已至山穷水尽，四处兵马齐来征讨，见其败势已不可免，手下将士亦有二心。其部将张翼夜请马柔吉父子与王钧甫饮酒，趁其酒酣之时，假意出帐小解，却命刀斧手突入帐中将三人杀死，而后率部出逃，请降于江、浙制置使周望，周望将其接纳，并上报高宗皇帝。