明国军队的突然大举入侵，震惊的不仅是江户的幕府，还有京都的朝廷。
只是，年轻的后水尾天皇在得知明国军队打出的旗号竟然有“尊皇攘夷”之后，心中对明国军队的敌视一下就去了许多，尔后破天荒的召见了朝廷关白二条忠实，向其询问明国朝廷的真实意图。
“陛下，从明国的告示上来看，明国的敌人是德川家，而非天皇！”
二条忠实是京都朝廷对幕府最有成见的重臣，现今担任的也是日本名义上最有权势的职位“关白”，而这个职位也是其家族藤原氏千年以来一直垄断的位置。当然，除了那个没有姓名的丰臣。
“就是说，明国人是尊重我这个天皇的？他们不是想灭亡日本，而是想灭亡德川家？”后水尾精神大振。
“是的，陛下！”
对幕府和德川家十分痛恨的二条忠实给了天皇明确而满意的答复，他告诉天皇陛下，明国人公告了整个日本，一旦消灭了德川幕府，日本的政权仍将由日本的有识之士担负起来。
那么，大政就是必然奉还的。
关白也是必然重新拥有实权，而不是沦为幕府的傀儡。
这些，明国人的菊机关已经通过某种途径向京都释放了。
虽然，二条清楚明国人在这个时候向京都朝廷释放善意并没有安好心，而是希望朝廷能和幕府对抗，从而有利于明国人的军事行动。
但是，二条依旧接受明国人的“善意”，毕竟，明国的军队是不可能真正征服日本的，在击败幕府之后，明国人必然会将大政奉还。
到时，拥有天皇的朝廷才是真正可以接手幕府遗产的存在，那些动摇的、观望的强藩们没有资格成为第二个德川家康，更没有资格成为第二个丰臣秀吉。
因此，于公于私，二条都坚定的希望和明国合作。
天皇，是这个合作最大的砝码。
现在，年轻的天皇陛下已经展了他的态度。这个，是至关重要的。
在踌躇了一那么一番后，后水尾压低了声，道：“那么，是不是可以？”
“臣明白陛下的意思，臣马上派人去办。”
有了天皇的默认，二条就有更大的信心去说服那些重臣们起来反对德川秀忠。
“陛下，萨摩岛津家已经上书朝廷公开表示愿意响应肥前有马氏。”为了坚定天皇铲除秀忠之心，二条将刚刚接到的一个好消息告诉了天皇。
“岛津家也起来了？”
后水尾又惊又喜，萨摩可是强藩啊，如果岛津家能够表态拥护大政奉还，京都就将成为日本真正的京都。
“幕府倒行逆施，人人得而诛之！臣请陛下密诏各藩共讨秀忠！”趁热打铁的二条竟然想出了密诏一事。
年轻的天皇陛下却迟疑了，他没有就密诏之事探讨，而是道：“那个人太可恶，朕很不喜欢他。”
如此，在给唯一可以信任的重臣留了这么一句话后，后水尾起身离开了密室。
天皇陛下对德川家族的憎恶是毫无保留的，因为德川家给了天皇太多的屈辱。
当年，后水尾的父亲后阳成天皇之所以让位，正是出于德川家康的意思。如果说朝廷需要幕府的金钱援助，不得不屈从幕府威势下，那么，德川秀忠对天皇的私事指手划脚就更可恶了。
后水尾深爱着自己的女官，并生下一子一女，这件事情本是天皇的后宫之事，却引起了德川秀忠强烈的不满，要逼迫天皇迎娶他那才十一岁的女儿和子，这简直是欺人太甚！
朕是绝不会成为德川家的女婿！
后水尾暗暗发誓，如果不是城外云集的幕府军队，他甚至都不愿每天跟例行公事一般派人慰问要与明国军队决战的德川秀忠。
隐忍，还需隐忍。
京都眼下仍处于秀忠的严密监视的把控之中，年轻的天皇纵有万般的想法，他的重臣们纵有万般的胆量，也不敢在这个时候露出他们真实的想法。
与明国人的决战寄托的不但但是幕府的希望，更是天皇的希望。
陛下多么的希望大政能够奉还啊！
陛下是多么的希望日本的有识之士能和明国的军队一起“尊皇攘夷”啊。
无论是历史，还是明国人告示，都表明明国对日本绝对没有领土野心，他们的此次讨伐只是单纯的要消灭万恶的幕府政权。
..........
萨摩藩公开上书反对幕府，深深的刺激到了德川秀忠。
为抢得战争的主动权，赶在明国军队援军到达之前消灭奈良一带的明国军队，德川秀忠下令京都附近的幕府军队向奈良挺近，他要以一场大胜来奠定幕府不可动摇的地位。
14日，八万余幕府常备军打着红、白、青、黄、黑五种颜色的旗帜向奈良挺进。
消息不断传回京都，演变成红彤彤、黑压压一片大军行动的场面，对京都的朝廷产生着心理上的巨大震慑力。
到底是明国军队取胜，还是幕府会取胜，成了京都所有人心中最大的问号。
奈良一线的皇军也接到了日军总进攻的消息，兵力上，日军占据了很大优势，日军配备了大量的铁枪、铁炮，并且有骑兵作战，而皇军在奈良城驻防的仅仅是近卫师团的第一步兵联队和部分辎重、工程兵，总兵力不到五千。
大本营传来了最新命令，魏公公手书“近卫师团一定要取得奈良城保卫战的胜利！”
与此同时，大明皇军从各个方向向奈良运动，双方都在不断的增兵。
18日，从台湾启程经琉球到来的援军台湾警备师团第三步兵联队，台湾义勇皇协军第一联队、由福建和浙江招募的兵勇，合计余到达津市，旋即向奈良方向增援。
由魏公公的姐夫王有喜率领组成的“有喜支队”也在大坂成功登陆，为了粉粹日军的抵抗之心，王有喜旅团长下令对大坂进行洗劫，造成了至少两万余大坂百姓的无辜死亡。
大坂方向的明国军队严重威胁到了日军侧翼，为了争取时间，德川秀忠于24日下令攻击奈良城。
城中皇军虽兵力处于弱势，但依托奈良城墙顽强抵抗，并且拥有优良于日军的火器，致使幕府军队一直无法完成重大突破。
经数日苦战，幕府军队仍无法攻破奈良。
战火中，千年历史的唐招提寺等古建筑被毁坏。