武德元年八月，薛举病殁，薛仁杲嗣位。
李世民对于前次兵败耿耿于怀，自请出师，得到李渊允准。
这次李药师没有随行，因为李药王去世了。
社稷板荡时期，所有官兵照例夺情起复，移孝作忠。
虽然不得守孝，但丧礼总得备办。
李药师、李客师得到三十六日丧假，携眷赶回昆明池。
他们兄弟感情笃厚，却也只能节哀尽礼，将李药王的棺椁暂厝于昆明池南的山麓。
李药师虽然不在身边，李世民仍与他书信往还。
西秦军的优势在于素有“陇西铁骑”之誉的骑兵，骑兵的根本则在良马。
西魏、北周以至隋代，主要的养马牧场都在陇西，这里自然拥有最优秀的骑兵。
不过这方面唐军也不遑多让，北朝诸代都将陇西幼驹迁至关中，调教训练之后供朝廷使用。
李药师在隋代曾经任职驾部，对此非常清楚。
西秦军的劣势则在兵力。
薛举号称三十万大军，但陇西诸郡合计仅八万户，四十万口。
纵使极限动员，也不过八万人马。
西秦西方必须防御西凉李轨，还得留守其根据地折墌城，因此能够出师东方的，顶多两、三万兵员。
所以前次，殷开山才会因为敌军不如预期之众而执意出击。
不过这方面唐军同样窘困。
当时李渊麾下大约二十余万兵员，必须同时顾及太原、潼关、河东、山南等前线，还要守御长安。
因此能让李世民带往陇西的，也只有两、三万人马。
西秦军与唐军的最大差异在于粮秣。
隋代六大粮仓中，华州的永丰仓在李渊入长安后就由唐军掌控，陕州的常平仓在屈突通归降之后也进入唐军势力范围。
然而薛举起兵，靠的只是陇西的地方仓储。
因此李唐的财经状况，大大优于西秦。
分析敌我形势，李药师认为前次李世民的战术完全正确。
西秦粮秣不济，兵将靠的是一股锐气，过于急躁，缺乏耐心。
薛举时期已是如此，薛仁杲性格比他父亲更为酷烈，也更禁不起持久拖延。
于是李世民郑重告诫随行诸将，对方前次大胜，必定轻敌好斗，然而骄兵必败。
我军此时须筑深沟高垒，坚壁清野，以挫其锐气。
待敌方气衰，然后奋击，必可一战而破。
因此严令：“敢言战者斩！”
如此，两军相持将近三个月。
薛仁杲御下苛虐，暴勇无谋，时间一久，粮饷不济，非但士卒脱逃，甚至手下官吏都率众归降李唐。
此时唐军待战已久，李世民一声出击，劲卒快马奋勇酣战，大破西秦军于浅水原。
这年十一月，李世民率军直捣折墌城，擒缚薛仁杲而归。
薛仁杲伏诛，陇西遂平。
在李世民与薛仁杲对峙的两三个月中，“天下”局势丕变：李密归降李唐，这代表东都出现极大变化。
当初李世民接到李渊撤军的命令，依李药师之计大败段达，抽身返回长安。
那时东都附近，尚余王世充、李密、宇文化及三家势力。
李密听说宇文化及直扑黎阳抢粮，即刻回师救援。
如此，瓦岗军就变成两面受敌。
不过东都内部也有矛盾。
杨广遭到缢弑，王世充拥立越王杨侗。
对于东都来说，宇文化及缢弑先帝，乃是怙恶不悛的国贼，而瓦岗只是据地起事的草寇。
何况王世充专横跋扈，杨侗其实希望能借李密之手将他除去，于是遣人向李密示好。
李密大喜，率瓦岗军与宇文化及的江都军大战，将之逼退。
江都军中当初迫于形势追随宇文的隋臣，此时颇有几人投入瓦岗。
其中包括许敬宗，他入唐后成为秦府十八学士之一，至唐高宗李治时期曾经拜相，更是日后李靖碑的撰写者。
当时魏玄成也在瓦岗军中，不过他已改用学名魏征了。
江都军没有达到攻占粮仓的目的，后勤补给更加困难，接近哗变的边缘。
这年九月，宇文化及行至魏州，废黜秦王杨浩，自称大许皇帝，不久即将杨浩鸩弑。
至于李密，他大破宇文化及，满心以为东都即将迎他入朝辅政。
未料王世充却趁李密和宇文化及大战之机，在洛阳发动兵变，从此独揽朝政。
李密因此拒绝进入东都，而与王世充对战。
瓦岗大败，裴仁基、秦叔宝、祖君彦、程知节等俱被擒获；单雄信等则降附王世充。
李密遭到重创，率王伯当等西走长安，投奔李唐，以为必当大受礼遇。
然并没有得到预期的重视，不免怏怏。
李世民平灭西秦，缚薛仁杲凯旋。
李渊派李密前往迎迓，在豳州相遇。
李世民待他的礼数也并不隆重，李密更加失望。
此时的李世民，心思哪会放在李密身上？入朝覆旨之后，他的第一要务就是去访李药师。
李药师已从昆明池回到长安，李世民急着想问清楚，那位紫衣御史，究竟是怎么回事？
在这三个月中，李世民早已将此事来回前后、前后来回地推敲，心里也早已有底。
于是这天他骑马前往李药师家中，身后还跟了一乘巾车，竟是秦王妃的法驾。
在这三个月中，李药师也一直在准备李世民到访。
然听说王妃一同驾临，却令他有些意外。
因为秦王妃长孙无垢，已怀有数月身孕。
不过李世民用这方法让出尘必须现身，倒也不失礼数。
于是夫妻二人一同迎出大门，未料从车中出来的，竟是蕣华！
原来将近一年之前，在秦王府的“家宴”中，蕣华、出尘相继抚琴之后，李世民便将蕣华纳入庭闱了。
此时蕣华已是侧妃，李药师、出尘依礼参见。
蕣华不受，扶起出尘；李世民也将李药师拦下。
四人进入正厅，入座之后，李世民先对李药王的后事略表致意，随即说道：“孤今日带蕣华前来，可是为要让她拜师的。”
说着便命蕣华以师礼拜见出尘。
出尘自然不受，扶住蕣华。
李药师躬身谢道：“臣妇何能？得殿下、王妃青睐！”